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Cifonauta, um banco de imagens para a biologia marinha

O Cifonauta foi inaugurado no dia 26 de setembro do ano passado (2011) e completa hoje 1 ano de vida pública. A ideia de um banco de imagens da vida marinha, no entanto, é mais antiga.

Primórdios da galeria de fotos sobre biologia marinha.

A documentação fotográfica faz parte de muitas abordagens de pesquisa e nos 30 anos de CEBIMar muito material foi coletado e estudado. Revistas especializadas e atividades de extensão do centro como cursos, folhetos e palestras são o destino comum deste conteúdo. No entanto, apenas uma pequena parte é publicada desta maneira, o restante acabava nunca vindo a público. São fotos e vídeos acumulados ao longo dos anos e que de certo modo representam a diversidade da vida marinha do litoral norte de São Paulo. Como aproveitar este potencial?

A ideia do Alvaro era criar um banco de imagens para divulgar os organismos documentados no CEBIMar. A primeira versão do site do CEBIMar, por exemplo, já continha uma galeria curada à mão contendo fotos de organismos marinhos separadas por classificação taxonômica.

galeria2008

A segunda versão do site também continha uma galeria ainda maior com cerca de 1000 fotos. Ainda assim, era pouco para o volume de material nos arquivos do CEBIMar. A oportunidade surgiu com um edital do CNPq e assim criamos o Cifonauta.

A ideia é simples. Um banco de imagens sobre biologia marinha abastecido pelos próprios pesquisadores do CEBIMar. Especialistas cujo conhecimento permite enriquecer as imagens com informações adicionais. No caso, nome da espécie, classificação taxonômica, habitat, estágio de vida, modo de vida, tamanho, geolocalização, técnica utilizada, etc. Estes dados permitem não só saber um pouco mais sobre o organismo, mas também filtrar o conteúdo do banco combinando marcadores.

Filtrando conteúdo através de marcadores no Cifonauta.

Outro diferencial do Cifonauta é que não colocamos apenas a melhor foto de cada ser. Uma foto é um recorte espacial e temporal e um organismo é um ser complexo tridimensional. Por isso, colocamos diversas imagens representativas de um mesmo organismo como no Chromodoris paulomarcioi. Todo o material sobre o vida de bolacha também está disponível na página da Clypeaster subdepressus.

Outro exemplo recente da utilidade do banco veio da iniciativa de pesquisadores da meiofauna do CEBIMar (organismos que vivem entre grãos de areia). Eles produziram um filme fantástico chamado Vida Entre Grãos e adicionaram todas as fotos e vídeos utilizados ao Cifonauta. São 538 fotos e 167 vídeos documentando a biologia destes organismos. Tardígrados, ácaros, nemertíneos, poliquetos, quinorrincos, gastrótricos, moluscos – entre outros! Não é qualquer pessoa que já viu um gastrótrico andando por aí… mas agora qualquer pessoa pode. E é esse o ideal do Cifonauta.

O Vida Entre Grãos para quem não viu:

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Bibliografia viva

Num sábado de manhã de algumas semanas atrás eu caí de paraquedas (online) no Hack4Knowledge, um encontro para criar aplicativos, ferramentas e remisturas que aproveitem os bancos de dados existentes para inovar e enriquecer a criação e disseminação do conhecimento.

Eu já estava fazendo uns testes com o API do Mendeley e resolvi aproveitar a oportunidade para por em prática uma idéia: agregar referências bibliográficas relacionadas com um determinado táxon. Não é uma idéia particularmente inédita nem difere muito de você colocar o nome de um táxon no google ou scopus, mas o fato do banco de dados do Mendeley ser construído por coleções dos usuários permite extrair algumas informações interessantes. Por exemplo, descobrir quais são os artigos mais populares ou criar um trending topics com os grupos do momento baseado na quantidade de leitores e número de publicações.

Living Bibliography Home Page
Página inicial do Living Bibliography

Possuir os dados de artigos (independente da fonte) também possibilita extrair informações interessantes como autores mais ativos em determinado táxon, rede de colaboradores, variação anual no número de artigos relacionados, tópicos mais estudados em cada grupo, etc. Integrando tudo isso e usando ferramentas para visualização de dados complexos seria possível, por exemplo, “ver” buracos no conhecimento ou acompanhar a história do estudo de um organismo.

Imagine se todos os artigos estivessem acessíveis livremente e contivessem informações (metadados) sobre os organismos em questão como informações taxonômicas, ocorrência, coletas, sequências, citações com marcação semântica, tópicos abordados, hipóteses para testar, metodologias, dados brutos, etc. Em instantes qualquer pessoa poderia ter um resumo do conhecimento atual sobre um organismo. Especialmente interessante para definir diretrizes para a pesquisa e evitar gastos de recursos com os mesmos erros; uma otimização da ciência. Isso sem contar na possibilidade de anexar observações, anotações, discussões, questões não resolvidas e outras atividades colaborativas.

Bom, depois de fazer um modelinho da idéia acabei de colocar as funções básicas do agregador para funcionar. Não tem nada do que escrevi acima, apenas uma interface de busca onde você pode usar o nome científico ou nome popular do organismo (em inglês) que você quer ver e uma página por táxon com a lista de referências relacionadas e alguns controles de ordenação. Se o táxon não estiver no banco ele vai buscar as referências na hora, portanto, é necessário esperar um pouco e recarregar a página (pelo menos até eu dar um jeitinho nisso).

Living Bibliography Taxon Page
Página de um táxon no Living Bibliography

Quem se interessar pode testar o Living Bibliography no livingbib.organelas.com. Só lembrando que é totalmente experimental, nada garantido que seus artigos favoritos aparecerão ou que as informações estejam corretas (ainda tem muito artigo duplicado, nome de autor errado, títulos mal formatados, revistas trocadas, e afins no Mendeley). Não sei o quanto vou poder me dedicar, mas o código é aberto e adoraria ouvir idéias e sugestões 🙂