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O que aprendi no mestrado

Defendi meu mestrado com bolachas-do-mar no fim de 2008. Resolvi me lembrar das coisas que aprendi durante estes 2 anos e vejam só o que apareceu.

  • Criar shell scripts para automatizar algumas tarefas como converter arquivos de vídeo e Imagens, adicionar marca d’água, redimensionar e criar páginas HTML
  • Utilizar estilos num processador de texto (OO)
  • Criar Imagens em 3D usando o ImageJ
  • Técnicas para melhorar a qualidade de fotomicrografias, como diminuir o ruído e limpar o fundo
  • Tirar fotos em microscópio de luz usando DIC
  • Usar um pouco do R para fazer gráficos e estatística descritiva
  • Usar LaTeX para processar documentos
  • Filmar e editar vídeos no microscópio e lupa
  • FLV é o formato mais indicado (custo benefício e acessibilidade) para divulgar vídeos na web
  • Converter diferentes formatos de vídeo
  • Criar páginas em XHTML do zero
  • Mexer com CSS
  • Criar sites/blogs usando wordpress
  • Fazer backups
  • Ficar na frente do computador a maior parte do tempo
  • Instalar versões diferentes do linux
  • Resolver bugs e problemas no linux e editar arquivos de configuração
  • Mexer com linha de comando
  • Nomear arquivos de forma eficiente e renomear arquivos rapidamente
  • Criar e editar macros no ImageJ
  • Usar o LaTeX para redigir textos
  • Usar o subversion para controlar versões
  • Editar textos com o VIM
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notas biologia pessoal

Um mestrado com bolachas

Compartilho aqui um resumo do que vi nestes últimos dois anos durante meu projeto de mestrado. De um jeito um pouco diferente…

Eu vi o encontro de óvulos e espermatozóides. Vi o início de um organismo. Um não, milhares. Talvez milhões. Vindos de criaturas cobertas de espinhos.

Vi como tudo muda no momento da fecundação. E, sob meu olhar, as células do embrião se dividiram.

Eu vi células se auto-organizando e tomando forma, até virar uma esfera com camada de dentro e de fora. A esfera nadou, num meio tão viscoso quanto mel, usando pequenos cílios que agora adornam suas células.

Eu vi sua forma mudar rapidamente. Tecidos se dobrando, cores aparecendo, células caminhando e fazendo coisas inimagináveis para nosso cérebro humano.

Mudaram tanto que ganharam outro nome. Larvas. Fantásticas e independentes. Um primor do micro-design evoluído. Elegante pra se mover, e, ao mesmo tempo, uma máquina de comer.

Cuidei das larvas. É preciso observar, entender o que precisam. Por meses a fio.

Acompanhei suas mudanças. Novos tecidos aparecendo, e com eles, novas ideias e interesses. Num mesmo ser, vidas que divergem. A larva quer nadar, a jovem quer o fundo. É até difícil imaginar a esquizofrenia da situação.

Mesmo assim, afundar torna-se inevitável. E a metamorfose acontece, drástica e rápida. Ou como costumamos dizer, catastrófica.

As pequenas já não são duas camadas de células, apenas. São elaboradas, com simetria impecável. E com tantos pés… inevitavelmente trôpegas.

Ainda guardo a sensação indescritível de vê-las aprender a andar.

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XKCD 1337

Seqüência de tirinhas muito boas do xkcd…!

xkcd
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xkcd
xkcd
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A Sombra do Vento

― Seu amigo Tomás tem talento, mas falta-lhe um rumo na vida, e um pouco de ambição, que é o que decide as coisas ― opinava Fermín Romero de Torres. ― A mente científica tem dessas coisas. Veja, por exemplo, o senhor Albert Einstein. Inventou tantos prodígios, e o primeiro para o qual encontraram aplicação prática foi a bomba atômica, e ainda por cima sem a sua permissão. Além disso, com essa aparência de boxeador que Tomás tem, vão lhe dificultar as coisas no meio acadêmico, porque nesta vida o que comanda tudo é o preconceito.

Motivado a salvar Tomás de uma vida de penúrias e incompreensões, Fermín tinha decidido que era preciso fazê-lo exercitar sua oratória latente e a sua sociabilidade.― O homem, como bom símio, é um animal social e nele prevalecem as patotas, o nepotismo, as trapaças e os rumores como pauta intrínseca de conduta ética ― argumentava. ― É biologia pura.

― Não por muito tempo.

― Que sonso você é às vezes, Daniel.

Livro: A Sombra do Vento
Autor: Carlos Ruiz Zafón
Páginas: 80-81
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O último dos porteiros

Diante da lei está um porteiro. Um homem do campo dirige-se a este porteiro e pede para entrar na lei. Mas o porteiro diz que agora não pode permitir-lhe a entrada. O homem do campo reflete e depois pergunta se então não pode entrar mais tarde. “É possível”, diz o porteiro, “mas agora não”. Uma vez que a porta da lei continua como sempre aberta, e o porteiro se põe de lado, o homem se inclina para olhar o interior através da porta. Quando nota isso, o porteiro ri e diz: “Se o atrai tanto, tente entrar apesar da minha proibição. Mas veja bem: eu sou poderoso. E sou apenas o último dos porteiros. De sala para sala, porém, existem porteiros cada um mais poderoso que o outro. Nem mesmo eu posso suportar a visão do terceiro”. O homem do campo não esperava tais dificuldades: a lei deve ser acessível a todos e a qualquer hora, pensa ele; agora, no entanto, ao examinar mais de perto o porteiro, com seu casaco de pele, o grande nariz pontudo e a longa barba tártara, rala e preta, ele decide que é melhor aguardar até receber a permissão de entrada. O porteiro lhe dá um banquinho e deixa-o sentar-se ao lado da porta. Ali fica sentado dias e anos. Ele faz muitas tentativas para ser admitido, e cansa o porteiro com os seus pedidos. Muitas vezes o porteiro submete o homem a pequenos interrogatórios, pergunta-lhe a respeito da sua terra e de muitas outras coisas, mas são perguntas indiferentes, como as que costumam fazer os grandes senhores, e no final repete-lhe sempre que ainda não pode deixá-lo entrar. O homem, que havia se equipado para a viagem com muitas coisas, lança mão de tudo, por mais valioso que seja, para subornar o porteiro. Este aceita tudo, mas sempre dizendo: “Eu só aceito para você não achar qie deixou de fazer alguma coisa”. Durante todos esses anos, o homem observa o porteiro quase sem interrupção. Esquece os outros porteiros e este primeiro parece-lhe o único obstáculo para a entrada na lei. Nos primeiros anos, amaldiçoa em voz alta o acaso infeliz; mais tarde, quando envelhece, apenas resmunga consigo mesmo. Torna-se infantil, e uma vez que, por estudar o porteiro anos a fio, ficou conhecendo até as pulgas da sua gola de pele, pede a estas que o ajudem a fazê-lo mudar de opinião. Finalmente a sua vista enfraquece e ele não sabe se de fato está escurecendo em volta ou se apenas os olhos o enganam. Contudo, agora reconhece no escuro um brilho que irrompe inextinguível da porta da lei. Mas já não tem mais muito tempo de vida. Antes de morrer, todas as experiências daquele tempo convergem na sua cabeça para uma pergunta que até então não havia feito ao porteiro. Faz-lhe um aceno para que se aproxime, pois não pode mais endireitar o corpo enrijecido. O porteiro precisa curvar-se profundamente até ele, já que a diferença de altura mudou muito em detrimento do homem. “O que é que você ainda quer saber?”, pergunta o porteiro. “Você é insaciável.” “Todos aspiram à lei”, diz o homem. “Como se explica que, em tantos anos, ninguém além de mim pediu para entrar?” O porteiro percebe que o homem já está no fim, e para ainda alcançar sua audição em declínio, ele berra: “Aqui ninguém mais podia ser admitido, pois esta entrada estava destinada só a você. Agora eu vou embora e fecho-a”.

Livro: O Processo
Autor: Franz Kafka
Páginas: 214-215
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notas pessoal

Quanta sopa!

… ― Quanta sopa! ― exclamou Gurdulu, inclinou-se dentro da marmita como se avançasse sobre uma sacada, e com a colher raspava sem parar a fim de arrancar o conteúdo mais precioso de cada marmita, isto é, a crosta que permanece presa nas paredes.― Quanta sopa! ― reboava sua voz dentro do recipiente, que, no seu temerário debater-se, entornou em cima dele.Agora Gurdulu estava prisioneiro na marmita virada. Dava para escutá-lo batendo a colher como num sino surdo e sua voz mugindo: “Quanta sopa!”. Depois a marmita se mexeu como uma tartaruga, revirou-se outra vez, e Gurdulu reapareceu.

Estava encharcado de sopa de repolho da cabeça aos pés, manchado, gorduroso, e além disso sujo de fumaça. Com o caldo que lhe escorria sobre os olhos, parecia cego e avançava gritando: “Tudo é sopa!”, com os braços para frente como se nadasse, e não via nada além da sopa que lhe recobria os olhos e o rosto, “Tudo é sopa!”, e numa das mãos brandia a colher como se quisese puxar para si colheradas de tudo aquilo que havia ao redor: “Tudo é sopa!”

Aquela visão provocou em Rambaldo uma perturbação capaz de fazer-lhe rodar a cabeça: mas era mais uma dúvida que um arrepio – que aquele homem que girava ali na frente sem enxergar tivesse razão e o mundo não fosse nada mais que uma imensa sopa sem forma em que tudo se desfazia e tingia com sua substância todo o existente. “Não quero me tornar sopa: socorro!”…

Livro: O Cavaleiro Inexistente
Autor: Italo Calvino
Páginas: 53-54
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artigos biologia música pessoal

Manifesto-me

Sou biólogo e gosto de invertebrados marinhos, mais especificamente de organismos desconhecidos ou pouco estudados. Acho que o caminho mais promissor a ser seguido pela teoria da evolução é o que chama-se de sistemas complexos, uma visão de mundo que está se formando como uma ciência altamente interdisciplinar. O enfoque da minha área de pesquisa é a relação entre os processos do desenvolvimento de um organismo (basicamente embriogênese, mas incluindo outros processos como regeneração) e sua história evolutiva (ou evolução). Atualmente estou no meio do mestrado estudando o desenvolvimento de uma bolacha-do-mar, tirando muitas fotos e gravando horas de filmes. Mas, pra quê serve isso? Bom, é um assunto muito complexo pra ser colocado aqui, mas caso queira discutir me mande um email! Ou continue acompanhando o blog que cedo ou tarde falarei sobre isso.

Ah, música. Música que corre em nossas veias. Impossível viver sem e sempre um vício interminável. Além de ouvir gosto de criar minhas musiquinhas que vou colocando aqui. Sinceramente, acho repugnante o que as grandes gravadoras têm feito para manter seu mercado de música e espero que elas acabem na latrina, ou mudem de comportamento. A única solução que vejo é cada artista escolher entre subjulgar seu trabalho à organizações que se preocupam muito com dinheiro e pouco com a arte, ou aproveitar as facilidades de produção e divulgação musical independente atuais. Existe um número crescente de gravadoras independentes e netlabels que estão aí para substituir o modelo retórico das grandes gravadoras por um modelo mais justo. Justo para os músicos, ouvintes e gravadoras.

Existe um universo de músicas excelentes disponibilizadas livremente pelos artistas. Para ajudar a divulgar o trabalho destes artistas montei um blog onde coloco tudo que ouço de bom. Se você não tem idéia do que eu estou falando ou ainda acha que música independente é de baixa qualidade visite ccnelas.org e os links relacionados!

E não é que isso acontece na ciência também? Cientistas ao publicarem seus trabalhos em determinadas revistas científicas cedem seus direitos à editora. Como proprietárias do direito autoral, as editoras restringem o acesso a estes trabalhos. Só poderá ler quem comprar o artigo ou quem pertence à uma instituição que paga a assinatura da revista, e até mesmo o próprio autor do trabalho tem restrições para divulgá-lo. Poxa, mas depois de todo o trabalho que uma revista tem para selecionar, revisar, corrigir e fazer a editoração de um artigo científico não é justo que ela cobre por isso? Perfeitamente. Então o que você está falando? Contrapoxa, não seria muito mais justo se toda a comunidade tivesse acesso aos trabalhos científicos e as editoras recebessem pelo trabalho? Afinal, somos meros primatas tentando entender o que chamamos de realidade e privar a maioria das pessoas de ter acesso à novas informações não vai ajudar em nada na nossa empreitada… Atualmente existem uma série de revistas que vêm aplicando com sucesso o modelo de acesso aberto às publicações científicas, mas muito ainda precisa ser discutido e melhorado. Espero publicar num futuro próximo informações mais detalhadas sobre o assunto.

Meu objetivo era escrever um texto que mistura Biologia, Música e Cultura Livre e acabou saindo isso aí. Espero que sirva de boa introdução para o que ando pensando atualmente!

São Paulo, 16 de maio de 2007

Bruno C. Vellutini

ps: caso queira esfriar a cabeça visite o desertoresdaescada.com, uma fonte inesgotável de utilidades e inutilidades que vale a pena conhecer!

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Aos Poucos

Aos poucos estou mudando minha página pessoal original no http://organelas.googlepages.com para o wordpress. Acho que aqui terei mais facilidade de editar e atualizar… entre outras coisas!

Aguarde novidades!