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Braquiópodes e arte japonesa

Morse 1902 - Observations on living Brachiopoda

I visited Japan solely for the purpose of studying the Brachiopoda of the Japanese seas, and this step led to my accepting the chair of zoology in the Imperial University at Tokyo. Gradually I was drawn away from my zoological work, into archaeological investigations, by the alluring problem of the ethnic affinities of the Japanese race. The fascinating character of Japanese art led to a study, first of the prehistoric and early pottery of the Japanese, and then to the collection and study of the fictile art of Japan. Inexorable fate finally entangled me for twenty years in a minute study of Japanese pottery. The results of this work are embodied in the Catalogue of Japanese Pottery, lately published by the Museum of Fine Arts, Boston. With this work off my hands, I turned back with eagerness to my early studies of the Brachiopoda (…) Japan is the home of the brachiopods.

Edward S. Morse, 1902. Observations on living Brachiopoda in Memoirs of the Boston Society of Natural History, 5(8): 313-386.

As citações são da página 313, 374 e da prancha 41.

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Villefranche-sur-Mer

Tivemos mais um Lab Retreat e dessa vez ao invés de esquiar fomos para a praia. Aproveitamos para fazer um mini-simpósio no famoso Observatoire Oceanologique de Villefranche.

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Buscar artigos da PLOS pelo DuckDuckGo

Ano passado resolvi experimentar a DuckDuckHack, plataforma de desenvolvimento para o buscador DuckDuckGo. A idéia era usar as respostas instantâneas, característica do pato, para encontrar artigos científicos; ou seja, um Google Scholar alternativo.

Apesar de parecer possível, resolvi tentar algo mais simples. Um plugin que usa o API da PLOS para buscar artigos (como esse) e mostrá-los na caixa de resposta instantânea.

Pra buscar basta colocar a palavra “plos” + termo de busca (exemplo acima). O resultado é uma lista com o título e data dos 5 artigos mais relevantes e link direto para o texto. O mouse over mostra os autores e qual revista da PLOS. Este formato foi simplificado ao longo do pull request inicial e finalizado no segundo.

Resposta instantânea para artigos da PLOS no DuckDuckGo.

O código no final é bem simples, uma função em Perl que conecta o API ao Duck e uma função em javascript que lida com a resposta da busca. E a comunidade do pato é bem amigável pra ajudar com qualquer dificuldade no código.

O fato de ser um plugin de um buscador menos usado que o Google restringe um pouco o número de usuários. Talvez eu seja o único e posso contar nos dedos quantas vezes eu usei. Muito mais útil seria se ele buscasse toda literatura científica! Mas enfim,  gosto dele. Acho que é a emoção de conectar serviços usando APIs.

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Relembrando o inverno passado

O plano era ir num congresso no Texas em janeiro, coletar braquiópodes em Washington e por fim visitar um laboratório em Rhode Island. Fui até Oslo para a entrevista do visto e começou a confusão. Tinha pedido um visto de congresso, mas pediram para trocar por um de estudante (por causa da visita para Rhode Island). Aí começou o drama de enviar documentos entre continentes com o complicador que dezembro é um mês pela metade. Em resumo, mandei meu passaporte pra embaixada na semana antes do natal e meu vôo era dia 03 de janeiro. Minha apresentação no congresso era dia 05.

Fui para Tromsø e depois Amsterdã com o pessoal da bio (mais sobre isso em outro post) sem meu passaporte. No dia 2 avisaram que o passaporte estava pronto em Oslo. Tive que mudar meu vôo pro dia 4 e o jeito mais barato era fazer upgrade pra classe executiva. Arranjei também uma entrega no mesmo dia de OSL pra AMS! Recebi o passaporte no dia 3 de noite e fui pegar o avião no dia seguinte de manhã. Chego no aeroporto e… vôo cancelado! Por causa da nevasca em Nova Iorque.

Estava na fila gigantesca com os outros passageiros e passou a moça chamando quem era da “bussiness”. Eu já tinha esquecido que eu era! Já tinham me colocado em outro vôo pra NY, mas chegando em outro aeroporto. De qualquer modo consegui chegar onde iria pegar o vôo pro Texas. O aeroporto estava um caos, mas meu vôo saiu, atrasado mas saiu. Cheguei lá e minha mala não chegou, tinha ficado em Nova Iorque.

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Base da minha alimentação nos EUA.

Fui direto para o hotel e no dia seguinte foi minha palestra que correu bem. Na noite sequinte consegui errar a cama e caí com meu joelho na barra de metal da cama. Achei que tinha rachado a rotula, com certeza. Minha mala ainda não tinha chegado e tive que começar a comprar roupas pra sobreviver ainda manco. Minha mala chegou no Texas dia 07 só no vôo das 18:30. E eu fui embora do Texas para Washington no mesmo dia, só que no vôo das 17:30… Aproveitei para fazer mais compras em Seattle, comprei uma mala até.

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Um tanque cheio de braquiópodes.

Fomos pra Friday Harbor coletar e foi bem produtivo, apesar do meu experimento não ter funcionado como o planejado.

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Cerveja do Alasca e figuras de bexiga.

Com o fim da coleta fui para o próximo destino, o menor estado dos EUA. Pegamos um vôo pra Nova Iorque e chegamos 2h antes de outra tempestade de neve. Mas tudo deu certo e consegui pegar o trem para Providence.

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Primeira noite em Providence, RI.

Fiquei por lá por quase um mês mexendo com dados de expressão gênica do verme pênis e também foi muito proveitoso.

Depois fui pra Nova Iorque, visitei a Paola no Brooklin e ainda fomos ver um jogo da NBA.

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No badalado Brooklyn com a Peulla.
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NYC.
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Assistindo jogo com a Paola!

Por fim, tive que ir até Amsterdã para pegar o vôo pro Brasil, mas não foi tão mal assim. E no Brasil foi muito bom rever todo mundo!

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Comida no Brasil!
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Fotos oficiais do laboratório

Tiramos a foto oficial do laboratório 🙂

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A galaxy for insight

By empowering readers and observers with transparent access to the means by which conclusions are reached, rather than assembling them in an audience to hear the Authorities deliver the catechism from on high, we are all of us becoming scientists in this way, entering into a democracy of the intellect that is already bearing spectacular fruit, not just at Wikipedia but through any number of collaborative projects, from the Gutenberg Project to Tor to Linux.

via theawl.com & @brunogola
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Está bom, filho. Vai pesquisar besouro.

O que você acha da política científica brasileira?

Está ultrapassada. Principalmente, a gestão científica. Foi por isso que eu escrevi o Manifesto da Ciência Tropical (PS do Viomundo: publicado primeiro aqui mesmo, neste espaço). O mais importante nós temos: o talento humano. Mas ele é rapidamente sufocado por normas absurdas dentro das universidades. Não podemos mais fazer pesquisa de forma amadora. Devemos ter uma carreira para pesquisadores em tempo integral e oferecer um suporte administrativo profissional aos cientistas.

Visitei um dos melhores institutos de física do País, na Universidade Federal de Pernambuco (UFPE), e o pessoal não tem suporte nenhum. Se um americano do Instituto de Física da Universidade Duke visitar os pesquisadores brasileiros, não vai acreditar. Eles tomam conta do auditório, fazem os cheques e compram as coisas, porque não é permitido ter gestores científicos com formação específica para este trabalho. Nós preferimos tirar cientistas que despontaram da academia. Aqui no Brasil há a cultura de que, subindo na carreira científica, o último passo de glória é virar um administrador do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), do Ministério da Ciência e Tecnologia (MCT) ou da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp). É uma tragédia. Esses caras não tem formação para administrar nada. Nem a casa deles. Não temos quadros de gestores. A gente gasta muito dinheiro e presta muita atenção em besteira e não investe naquilo que é fundamental.

Se chega um jovem muito talentoso que quer investigar besouro, devemos responder: “Está bom, filho. Vai pesquisar besouro.” Eu não investiria em tópicos, em áreas específicas. Eu investiria primordialmente em gente. Porque se você investir em pessoas talentosas, elas encontrarão nichos em que o Brasil terá benefícios tremendos.

Nós publicamos mais do que a Suíça. Mas o impacto da ciência suíça é muito maior. Basta ver o número de prêmios Nobel lá. E eles têm apenas cinco milhões de habitantes. Na academia brasileira, as recompensas dependem do que eu chamo de “índice gravitacional de publicação”: quanto mais pesado o currículo, melhor. Ou seja, o cientista precisa colecionar o maior número de publicações – sem importar tanto seu conteúdo. Não pode ser assim. O mérito tem de ser julgado pelo impacto nacional ou internacional de uma pesquisa. Não podemos dizer: quem publica mais, leva o bolo. Porque aí o sujeito começa a publicar em qualquer revista. Não é difícil. A publicação científica é um negócio como qualquer outro. Mesmo se você considerar as revistas de maior impacto. Também não adianta criar e usar um índice numérico de citações (que mede o número de citações dos artigos de um determinado cientista).

Se Einstein não poderia estar no topo, há algo errado. Minha esperança é que o futuro ministro ataque isso de frente pois, até agora, ninguém teve coragem de bater de frente com o establishment da ciência brasileira. Ninguém teve coragem de chegar lá e dizer: “Chega! Não é assim! A ciência não está devolvendo ao povo brasileiro o investimento do povo na ciência.” Os cientistas brilhantes jovens não têm acesso às benesses que os grandes cardeais – pesquisadores A1 do CNPq – têm, muitos deles sem ter feito muita coisa que valha.

Para entender a que me refiro, basta participar de reuniões científicas e acompanhar a composição de uma mesa. Não há nada semelhante em lugar nenhum do mundo: perder três minutos anunciando autoridades e nomeando quem está na mesa. É coisa de cartório português da Idade Média. Cientista é um cidadão comum. Ele não tem de fazer toda essa firula para apresentar o que está fazendo. É um desperdício de energia, uma pompa completamente desnecessária. Muitas vezes, os pesquisadores jovens não podem abrir a boca diante dos cientistas mais velhos. Eu ouço isso em todo o Brasil.

Eu adoro a USP, onde me formei. Mas a liderança que temos hoje na USP é terrível. O reitor da USP (João Grandino Rodas) é uma pessoa de pouca visão. Não chega nem perto da tradição das pessoas que passaram por aquele lugar. São Paulo acabou de perder um investimento de 150 milhões de francos suíços (cerca de R$ 270 milhões) porque o reitor da USP não tinha tempo para receber a delegação de mais alto nível já enviada pelo governo suíço ao Brasil. Mandaram o pró-reitor de pesquisa da universidade (Marco Antônio Zago) fazer uma apresentação para eles. Ninguém agradeceu a visita.

via viomundo.com.br

Miguel Nicolelis falando muitas verdades. Mais claro e direto, impossível. Só selecionei umas citações… leiam a íntegra no link acima.

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Como são as coisas

De um lado tinha a música. Do outro a biologia.

Em 2006 descobri um universo de músicas distribuídas livremente na rede e comecei explorá-lo. O primeiro contato foi pelo Jamendo e depois fui conhecendo os lançamentos das chamadas netlabels. Empolgado com tudo isso, pois achei muita coisa boa, resolvi criar um blog pra compartilhar esses achados, o ccnelas.org. Fui acumulando álbuns interessantes e um dia desses resolvi fazer uma coletânea com algumas músicas que havia divulgado no ccnelas. Pensei um pouco a respeito.

Enquanto isso estava enfurnado em um laboratório no litoral norte de São Paulo fazendo meu mestrado com biologia marinha. Boa parte do meu projeto envolvia criar embriões e larvas de uma espécie de bolacha-do-mar. Nesta época fiquei todo o verão convivendo com estes embriões e larvas.

Alimentando e trocando a água todo dia, olhando no microscópio, tirando fotos, fazendo filmes. Talvez seja por isso que os cientistas sejam meio malucos; muitos vêem coisas que pouca gente no mundo imagina que exista, ou verá algum dia. Conhecer e conviver com estes bichinhos foi certamente intrigante.

Imagine: você é concebido na água do mar, e antes de ter uma dúzia de células, já está sozinho, pois o movimento constante da água se encarrega de diluir sua imensa (milhões) quantidade de irmãos; quando começa a nadar você não tem boca ou ânus, nem sequer nasceu da membrana que protege o óvulo; você usa pequenos cílios para nadar na água, que mais parece melaço, por causa de seu tamanho diminuto; você continua nadando, mas só vai para onde as correntes marítimas te levam, sua força é muito pequena; você continua a se desenvolver e finalmente tem pequenos braços e uma boca; com os braços você captura e se alimenta de microalgas enquanto continua nadando; na medida em que se alimenta começa a se formar, dentro de você, uma pequena estrutura; o que está crescendo é uma bolacha-do-mar; aos poucos a pequena bolacha vai ocupando parte do corpo da larva; em determinado momento a larva começa a nadar perto do fundo, abrindo os braços e expondo a bolacha; a larva e a bolacha, que são uma coisa só, experimentam o fundo, quando gostam um pé da bolacha se estende e gruda firmemente no fundo; a partir deste momento a bolacha nunca mais ira nadar e a larva começa a deixar de existir; em pouco tempo toda larva, suas estruturas, tecidos, são reabsorvidos pela bolacha, que já está dando seus primeiros passos entre os grãos de areia.

Enquanto estudava esta efêmera e diferente história de vida das larvas plúteos, tive uma idéia. Resolvi escolher músicas publicadas no ccnelas que representassem a estranha vida de uma larva plúteos e montar uma coletânea. Foi assim the nasceu “A Viagem do Plúteos” (original em inglês “The Pluteus Trip” lançado em 2007 [usei a estranhez que a vida dos plúteos havia me causado como parâmetro para selecionar músicas disponibilizadas na rede].

Engraçado, enquanto compilava as músicas estava organizando a vinda da exposição “Oceano: vida escondida” para São Paulo, e precisávamos de um texto de divulgação. O release que havia escrito para “A Viagem do Plúteos” caiu como uma luva e serviu de base para o texto “Vida Escondida” publicado na magazine “O Telescópio” da Estação Ciência [usei o release de uma coletânea de músicas para escrever um texto de divulgação].

Certo dia as fotos da exposição foram citadas numa revista digital de música livre. Pouco tempo depois fui contatado para que uma das fotos do Alvaro fosse usada na capa de um mix de músicas ambientes chamado “Underwater is a place to be alone” [usaram uma foto da exposição para ilustrar um álbum de música].

Este álbum era perfeito para servir de música ambiente para a exposição, mas por impasses técnicos não conseguimos colocá-la [usaríamos um álbum , cuja capa era uma foto da exposição como música ambiente da mesma].

Fiz um vídeo com o material do meu mestrado. Nas versões anteriores tinha colocado uma música minha inacabada. No entanto, não havia gostado muito, tanto do efeito da música no vídeo quanto da qualidade do som. Adoraria ter aceitado o desafio de compor uma trilha para o vídeo, mas simplesmente não havia tempo. Precisava então de uma música que tivesse o clima certo. Não pensei muito para recorrer ao “The Pluteus Trip” e não levou mais do que alguns minutos para definir a música tema do vídeo, que é a música de abertura da coletânea, Autonarkose do My First Trumpet no álbum Frerk.

Resolvi experimentar o yEd para mostrar as relações acima num fluxograma. Ficou interessante, especialmente os layouts automáticos (o primeiro posicionei na mão…).

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Oceano no Rio e Lablogatórios

Tópico rápido para anunciar as últimas novidades:

A exposição “Oceano: vida escondida” está no Museu da Vida, Rio de Janeiro do dia 12 de Agosto de 2008 até dia 27 de Setembro de 2008! Se você é carioca, ou visitando a cidade maravilhosa vá conhecer cara a cara os seres que dominam boa parte do planeta…

Para mais informações leia o tópico do blog oficial da exposição. Ainda não viu as fotografias??? Visite o site da exposição no www.usp.br/cbm/oceano. Quer receber as novidades por email? Clique aqui (ou pelo feed).

A outra novidade é que acaba de ser lançado o Lablogatórios, primeiro portal agregador de blogs de ciência brasileiro! Leia mais aqui ou entre direto no site www.lablogatorios.com.br.

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Congresso Internacional de Ensino em Ciências – Colômbia 2009

Está aí uma ótima oportunidade para discutir a ampliar os horizontes da educação em ciência! Que tal os blogueiros científicos aderirem em massa? Até 2009 tem bastante tempo para desenvolver e testar idéias para apresentar no congresso…!

Segue abaixo os temas a serem abordados no congresso:

  • Active modern methods and innovations in science education (physics, chemistry, biology, etc.)
  • Modern curriculum design
  • Evaluation and assessment
  • Science experiment and laboratory in teaching and learning
  • Educational technology, software and Internet in science education
  • Modern textbooks
  • Research in science and mathematic education
  • Science Olympiads
  • Methodology of mathematics education
  • Methodology of different natural sciences (geology, astronomy, biotechnology, biomedical sciences etc.)
  • and other themes

Info:
International Congress of Science Education
www.colciencias.gov.co/rec/cong
15 a 18 de Julho de 2009
Cartagena, Colômbia