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Tartarugas, embriões e fósseis

Escrevi um texto sobre o desenvolvimento e evolução do casco das tartarugas no The Node: Turtles in a nutshell.

Tartarugas
Tartaruga no Henry Doorly Zoo, Omaha. Foto por Algy3289.

Ele mostra como é o início da formação do casco nos embriões e como isso pode ajudar a entender a evolução desse padrão corpóreo tão diferente. Animações em 3D e fósseis estão inclusos no pacote!

Nunca imaginei que colocaria um vertebrado neste site… mas o fato delas terem seus ombros dentro da caixa torácica me fez abrir uma exceção, coitadas.

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Bibliografia viva

Num sábado de manhã de algumas semanas atrás eu caí de paraquedas (online) no Hack4Knowledge, um encontro para criar aplicativos, ferramentas e remisturas que aproveitem os bancos de dados existentes para inovar e enriquecer a criação e disseminação do conhecimento.

Eu já estava fazendo uns testes com o API do Mendeley e resolvi aproveitar a oportunidade para por em prática uma idéia: agregar referências bibliográficas relacionadas com um determinado táxon. Não é uma idéia particularmente inédita nem difere muito de você colocar o nome de um táxon no google ou scopus, mas o fato do banco de dados do Mendeley ser construído por coleções dos usuários permite extrair algumas informações interessantes. Por exemplo, descobrir quais são os artigos mais populares ou criar um trending topics com os grupos do momento baseado na quantidade de leitores e número de publicações.

Living Bibliography Home Page
Página inicial do Living Bibliography

Possuir os dados de artigos (independente da fonte) também possibilita extrair informações interessantes como autores mais ativos em determinado táxon, rede de colaboradores, variação anual no número de artigos relacionados, tópicos mais estudados em cada grupo, etc. Integrando tudo isso e usando ferramentas para visualização de dados complexos seria possível, por exemplo, “ver” buracos no conhecimento ou acompanhar a história do estudo de um organismo.

Imagine se todos os artigos estivessem acessíveis livremente e contivessem informações (metadados) sobre os organismos em questão como informações taxonômicas, ocorrência, coletas, sequências, citações com marcação semântica, tópicos abordados, hipóteses para testar, metodologias, dados brutos, etc. Em instantes qualquer pessoa poderia ter um resumo do conhecimento atual sobre um organismo. Especialmente interessante para definir diretrizes para a pesquisa e evitar gastos de recursos com os mesmos erros; uma otimização da ciência. Isso sem contar na possibilidade de anexar observações, anotações, discussões, questões não resolvidas e outras atividades colaborativas.

Bom, depois de fazer um modelinho da idéia acabei de colocar as funções básicas do agregador para funcionar. Não tem nada do que escrevi acima, apenas uma interface de busca onde você pode usar o nome científico ou nome popular do organismo (em inglês) que você quer ver e uma página por táxon com a lista de referências relacionadas e alguns controles de ordenação. Se o táxon não estiver no banco ele vai buscar as referências na hora, portanto, é necessário esperar um pouco e recarregar a página (pelo menos até eu dar um jeitinho nisso).

Living Bibliography Taxon Page
Página de um táxon no Living Bibliography

Quem se interessar pode testar o Living Bibliography no livingbib.organelas.com. Só lembrando que é totalmente experimental, nada garantido que seus artigos favoritos aparecerão ou que as informações estejam corretas (ainda tem muito artigo duplicado, nome de autor errado, títulos mal formatados, revistas trocadas, e afins no Mendeley). Não sei o quanto vou poder me dedicar, mas o código é aberto e adoraria ouvir idéias e sugestões :)

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Larvas tornárias

Larvas tornárias
The Tonaria larvae. Ptychodera flava. © 2010 Kahi Kai – one Ocean, for Tara Oceans via Tara Expéditions

Fantástica foto de uma larva de hemicordado da Tara Expéditions, uma expedição científica multidisciplinar que está dando a volta ao mundo coletando dados biológicos e físicos dos oceanos. Em outubro eles passaram pelo Rio de Janeiro e estão à caminho de Ushuaia. Vale a pena dar uma olhada no site.

Aproveito para mostrar as duas fotografias de larvas tornárias que fazem parte da mostra Oceano: vida escondida; exposição itinerante do CEBIMar/USP.

tornaria lupa
A larva tornária representa parte do ciclo de vida de um grupo de vermes marinhos solitários. Elas passam bastante tempo na coluna d´água, e os adultos, que podem medir cerca de 1 metro de comprimento, vivem enterrados na areia.
tornaria mic
Larva tornária é bastante transparente permitindo visualizar estruturas internas, como o trato digestório, nervo apical e hidróporo.

E por que não mostrar um adulto?

18324887 Saccoglossus bromophenolosus DSCN7856
Saccoglossus bromophenolosus, espécime da costa oeste dos EUA.

Aqui no litoral de SP temos o Balanoglossus gigas que pode passar dos 1,5 metros de comprimento (!).

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Shell script para backup usando rsync e ssh em DHCP no Ubuntu

Fiz uma versão nova e mais completa, deste script. Confira aqui.

No meu computador mantenho apenas arquivos essenciais para o trabalho da semana/mês e vou estocando tudo em discos rígidos externos progressivamente. Contudo, como eles são meio desorganizados, queria um jeito prático de fazer backup completo dos arquivos diários de trabalho.

A solução foi criar um script em shell (bash) que fizesse uma cópia exata do meu computador para outra máquina conectada na rede local.

Depois de uma rápida pesquisa vi que o rsync era a ferramenta que estava procurando para o trabalho. Não é preciso muito para conseguir fazer o backup com o rsync, basta usar o seguinte comando (cheque a documentação para entender os argumentos):

rsync -ah --delete -e ssh /home/user1 user2@IPouHostname:/home/user2/Backup/
#nota de precaução: o --delete faz com que os arquivos no destino sejam deletados, caso estejam ausentes na origem

No entanto, foi preciso configurar algumas coisas para que tudo corresse bem nas duas máquinas rodando Ubuntu.

Como minha rede local é DHCP as máquinas não tem um IP estático. Queria rodar o script sem precisar saber o IP do destino usando apenas o hostname (nome da máquina na rede). Quando tentei conectar via ssh usando o hostname original não consegui. Para funcionar é necessário simplesmente mudar o hostname da máquina de destino para hostname.local. Siga estas instruções resumidas abaixo:

  1. Abra o arquivo /etc/hosts com um editor de texto pelo terminal

    sudo vim /etc/hosts

  2. Mude a linha

    127.0.1.1 hostname

    para

    127.0.1.1 hostname.local

  3. Salve o arquivo e abra o arquivo /etc/hostname com

    sudo vim /etc/hostname

  4. Mude o hostname para hostname.local e salve
  5. Reinicie a máquina ou execute:
    1. sudo /etc/init.d/hostname.sh stop
    2. sudo /etc/init.d/hostname.sh start
    3. sudo /etc/init.d/network restart

Com isso foi possível conectar via ssh sem precisar saber o IP, apenas com o hostname. Outra pendenguinha é que o ssh precisa da senha de usuário da máquina de destino para se conectar. Pra evitar isso e conseguir fazer o login remotamente sem precisar digitar a senha siga estes passos (isso permite com que você possa iniciar o backup sem precisar estar por perto, por exemplo deixar agendado para rodar o script 1 vez por semana).

Com isso resolvido abra o script abaixo num editor de texto, edite os detalhes de configuração, salve e execute o script num terminal. Para executar torne o arquivo executável com o comando

chmod 755 backup.sh

e execute com

./backup.sh

Tentei fazer com que meu computador ligasse remotamente (para que nem precisasse ligar a máquina de destino pra fazer backup – o script a ligaria remotamente), mas não consegui. Tem instruções sobre o wakeonlan aqui.

O script abaixo basicamente:

  • Checa se a máquina de destino está ligada (se estiver desligada ele avisa, põe no log e fecha)
  • Se estiver ligada ele executa o rsync (o –delete-before deleta os arquivos do destino antes de copiar os arquivos novos; útil se não houver muito espaço no disco do destino – o padrão é –delete que vai deletando e copiando progressivamente)
  • O terminal mostra todas as operações e calcula a duração do backup. Tudo isso fica registrado num arquivo log

Obviamente sugestões são muito bem vindas! Segue então o script:

#!/bin/bash

# Script para backup via SSH usando o rsync
# Versão 0.1

## Configuração!!! ##
# Mude os parâmetros abaixo, referentes ao seu sistema

# Arquivo log
LOG=/home/user0/.backup`date +%Y-%m-%d`.log

# Destino
# IP ou hostname da máquina de destino
DESTINO=destino.local

# Usuário no destino
USR=user1

# Diretório de destino
DIR=/home/user1/Backup/

# Origem
# Diretório de origem
SRC=/home/user0

## Fim das Configurações!!! ##

# Checar se a máquina de destino está ligada
/bin/ping -c 1 -W 2 $DESTINO > /dev/null
if [ "$?" -ne 0 ];
then
   echo -e `date +%c` >> $LOG
   echo -e "\n$DESTINO desligado." >> $LOG
   echo -e "Backup não realizado\n" >> $LOG
   echo -e "--- // ---\n" >> $LOG
   echo -e "\n$DESTINO desligado."
   echo -e "Backup não realizado.\n"
else
   HORA_INI=`date +%s`
   echo -e `date +%c` >> $LOG
   echo -e "\n$DESTINO ligado!" >> $LOG
   echo -e "Iniciando o backup...\n" >> $LOG
   rsync -ah --delete --stats --progress --log-file=$LOG -e ssh $SRC $USR@$DESTINO:$DIR
   HORA_FIM=`date +%s`
   TEMPO=`expr $HORA_FIM - $HORA_INI`
   echo -e "\nBackup finalizado com sucesso!" >> $LOG
   echo -e "Duração: $TEMPO s\n" >> $LOG
   echo -e "--- // ---\n" >> $LOG
   echo -e "\nBackup finalizado com sucesso!"
   echo -e "Duração: $TEMPO s\n"
   echo -e "Consulte o log da operação em $LOG.\n"
fi

# Afazeres

#  - Incluir em cron job!
#  - Definir como lidar com o arquivo.log (deletar, arquivar, deixar...)
#  - Incluir wakeonlan para ligar o computador se estiver desligado
#  - Desligar máquina de destino após o término do backup
#  - Criar alça para quando a transferência falhar (e.g.,falta de espaço)
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Videoclipe: Dream Sequence

No fim de 2008 recebi uma mensagem da netlabel rec72 com a proposta de criar uma experiência visual (videoclipe) com as imagens do Vida de Bolacha. A trilha sonora seria uma música do álbum “The Scientific Method, Volume II Experiments in Sound Perspective” do Professor Kliq.

Aproveitando o começo de 2009 me aventurei na edição das imagens. Usei o mesmo editor que havia usado no “Vida de Bolacha”, o Open Movie Editor, para linux. Como nunca tinha precisado de efeitos ou transições mirabolantes este programa deu para o gasto (i.e., importar, editar, inserir gráficos, transições simples, e finalmente exportar sem grandes impedimentos). Agora, para criar uma experiência visual resolvi experimentar efeitos adicionais (frei0r). Escolhi a faixa “Dream Sequence”, pois cria um clima interessante, e fui experimentando.

Aos poucos o vídeo foi tomando forma, eu fui descartando diversas tomadas e selecionando as definitivas, e por fim decidi finalizá-lo. É uma experiência visual, portanto não tem ordem, as vezes fica psicodélico e aquela coisa toda… Depois de alguns problemas técnicos com os efeitos (e com o editor) o resultado foi ao ar no dia 16 de março de 2009, e você pode conferir abaixo.

Video clipe que fiz para a música Dream Sequence do Professor Kliq usando o material do meu mestrado sobre bolachas-do-mar.
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Como são as coisas

De um lado tinha a música. Do outro a biologia.

Em 2006 descobri um universo de músicas distribuídas livremente na rede e comecei explorá-lo. O primeiro contato foi pelo Jamendo e depois fui conhecendo os lançamentos das chamadas netlabels. Empolgado com tudo isso, pois achei muita coisa boa, resolvi criar um blog pra compartilhar esses achados, o ccnelas.org. Fui acumulando álbuns interessantes e um dia desses resolvi fazer uma coletânea com algumas músicas que havia divulgado no ccnelas. Pensei um pouco a respeito.

Enquanto isso estava enfurnado em um laboratório no litoral norte de São Paulo fazendo meu mestrado com biologia marinha. Boa parte do meu projeto envolvia criar embriões e larvas de uma espécie de bolacha-do-mar. Nesta época fiquei todo o verão convivendo com estes embriões e larvas.

Alimentando e trocando a água todo dia, olhando no microscópio, tirando fotos, fazendo filmes. Talvez seja por isso que os cientistas sejam meio malucos; muitos vêem coisas que pouca gente no mundo imagina que exista, ou verá algum dia. Conhecer e conviver com estes bichinhos foi certamente intrigante.

Imagine: você é concebido na água do mar, e antes de ter uma dúzia de células, já está sozinho, pois o movimento constante da água se encarrega de diluir sua imensa (milhões) quantidade de irmãos; quando começa a nadar você não tem boca ou ânus, nem sequer nasceu da membrana que protege o óvulo; você usa pequenos cílios para nadar na água, que mais parece melaço, por causa de seu tamanho diminuto; você continua nadando, mas só vai para onde as correntes marítimas te levam, sua força é muito pequena; você continua a se desenvolver e finalmente tem pequenos braços e uma boca; com os braços você captura e se alimenta de microalgas enquanto continua nadando; na medida em que se alimenta começa a se formar, dentro de você, uma pequena estrutura; o que está crescendo é uma bolacha-do-mar; aos poucos a pequena bolacha vai ocupando parte do corpo da larva; em determinado momento a larva começa a nadar perto do fundo, abrindo os braços e expondo a bolacha; a larva e a bolacha, que são uma coisa só, experimentam o fundo, quando gostam um pé da bolacha se estende e gruda firmemente no fundo; a partir deste momento a bolacha nunca mais ira nadar e a larva começa a deixar de existir; em pouco tempo toda larva, suas estruturas, tecidos, são reabsorvidos pela bolacha, que já está dando seus primeiros passos entre os grãos de areia.

Enquanto estudava esta efêmera e diferente história de vida das larvas plúteos, tive uma idéia. Resolvi escolher músicas publicadas no ccnelas que representassem a estranha vida de uma larva plúteos e montar uma coletânea. Foi assim the nasceu “A Viagem do Plúteos” (original em inglês “The Pluteus Trip” lançado em 2007 [usei a estranhez que a vida dos plúteos havia me causado como parâmetro para selecionar músicas disponibilizadas na rede].

Engraçado, enquanto compilava as músicas estava organizando a vinda da exposição “Oceano: vida escondida” para São Paulo, e precisávamos de um texto de divulgação. O release que havia escrito para “A Viagem do Plúteos” caiu como uma luva e serviu de base para o texto “Vida Escondida” publicado na magazine “O Telescópio” da Estação Ciência [usei o release de uma coletânea de músicas para escrever um texto de divulgação].

Certo dia as fotos da exposição foram citadas numa revista digital de música livre. Pouco tempo depois fui contatado para que uma das fotos do Alvaro fosse usada na capa de um mix de músicas ambientes chamado “Underwater is a place to be alone” [usaram uma foto da exposição para ilustrar um álbum de música].

Este álbum era perfeito para servir de música ambiente para a exposição, mas por impasses técnicos não conseguimos colocá-la [usaríamos um álbum , cuja capa era uma foto da exposição como música ambiente da mesma].

Fiz um vídeo com o material do meu mestrado. Nas versões anteriores tinha colocado uma música minha inacabada. No entanto, não havia gostado muito, tanto do efeito da música no vídeo quanto da qualidade do som. Adoraria ter aceitado o desafio de compor uma trilha para o vídeo, mas simplesmente não havia tempo. Precisava então de uma música que tivesse o clima certo. Não pensei muito para recorrer ao “The Pluteus Trip” e não levou mais do que alguns minutos para definir a música tema do vídeo, que é a música de abertura da coletânea, Autonarkose do My First Trumpet no álbum Frerk.

Resolvi experimentar o yEd para mostrar as relações acima num fluxograma. Ficou interessante, especialmente os layouts automáticos (o primeiro posicionei na mão…).

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Vídeo “Vida de bolacha” online!

Tenho o prazer de informar que o vídeo Vida de bolacha está online! O vídeo contém cenas do ciclo de vida da bolacha-do-mar Clypeaster subdepressus incluindo embriões, larvas e filhotes, e faz parte do meu projeto de mestrado.

Saiba mais sobre o vídeo em mestrado.organelas.com/videos.

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Élie Metchnikoff

Um cientista em minha vida

Em 2002, enquanto cursava o segundo ano de biologia, comecei a ler um livro recomendado pelo chefe do laboratório onde eu fazia estágio. Organizamos um grupo de discussão e ao longo de vários meses nos reunimos semanalmente para discutí-lo com um colaborador da filosofia. O livro chama-se Metchnikoff e as Origens da Imunologia – Da Metáfora à Teoria (Metchnikoff and the Origins of Immunology – From Metaphor to Theory).

Como eu não estava num estágio de imunologia e a área não me era familiar, estranhei um pouco o assunto do livro. Até começar a ler.

O livro é uma análise minuciosa da carreira do biólogo russo Élie Metchnikoff, feita por Alfred Tauber e Leon Chernyak. Os autores mostram com maestria como a postura filosófica, ou modo de ver o mundo, de Metchnikoff afetaram diretamente suas interpretações e teorias biológicas. Isso me surpreendeu bastante já que pra mim a ciência era um bloco sólido e objetivo de fatos. E não apenas algo criado por meros “macacos“.

Bom, mas quem foi Metchnikoff, afinal? E o que este biólogo russo que passou boa parte da sua vida estudando embriões de invertebrados marinhos tem a ver com imunologia?

Élie Metchnikoff em sua foto para o prêmio Nobel.

Nascido em 1845, Élie Metchnikoff, viveu uma agitada e controversa vida acadêmica, envolvendo-se em discussões com grandes nomes da época como Robert Koch e Ernst Haeckel.

Logo após a publicação do “Origem das Espécies” de Charles Darwin, Metchnikoff iniciou seus estudos embriológicos descrevendo o desenvolvimento de diversos invertebrados.

Quando Haeckel lançou sua versão da origem dos animais (gastraea) baseado no desenvolvimento dos anfioxos, Metchnikoff não tardou a apresentar sua versão para o ancestral hipotético do reino animal (parenchymella), baseado no desenvolvimento de esponjas e cnidários, organismos considerados mais basais.

Foi nessa busca pelos mecanismos ancestrais do desenvolvimento que Metchnikoff começou a se perguntar como estas linhagens celulares podem formar um todo organizado (um organismo).

A primeira grande sacada do russo foi perceber que a evolução de seres multicelulares deveria ser entendida por processos seletivos operando entre as linhagens celulares. Com isso viu que a existência de um animal depende, essencialmente, das interações celulares que ocorrem durante seu desenvolvimento. Compreender estas interações poderia revelar dicas de como foi a origem e evolução dos animais.

Naquela época os organismos eram considerados intrinsicamente harmoniosos (equilibrados) e a doença seria causada pelo desequilíbrio entre os humores do corpo. A restauração da saúde dependeria da recuperação do balanço entre estas substâncias corpóreas, e o corpo seria passivo neste processo. Metchnikoff, que era um grande pessimista em relação à vida (incluindo algumas tentativas de suicídio no seu currículo), sugeriu algo diferente. Os organismos seriam intrinsicamente desarmoniosos, mas que estariam ativamente mantendo sua organização.

Este salto metafísico veio da recorrente observação de determinado fenômeno ao longo de seus extensos estudos embriológicos: a fagocitose. Estas células amebóides parecem ter herdado a capacidade de englobar partículas presente nas amebas (protozoários). Num contexto multicelular estas células não somente alimentavam-se ao fagocitar, mas também forneciam alimento às outras células, como nas esponjas, animais com digestão intracelular. O ato de englobar partículas, além de bastante comum, parecia essencial nos processos do desenvolvimento dos organismos, como a regressão da cauda de girinos, estudado pelo russo.

Sua obsessão pela fagocitose culminou num famoso experimento que edificou as bases de sua teoria, a Teoria Fagocítica. Enquanto observava as células de uma larva de estrela-do-mar Metchnikoff percebeu que estas células também poderiam estar ativamente protegendo o organismo através da fagocitose.

Larva braquiolária de estrela-do-mar.

Para testar tal idéia Metchnikoff pegou um acúleo de roseira e espetou na larva de estrela-do-mar.

No dia seguinte encontrou o acúleo cercado de células amebóides, indicando uma resposta aquele estímulo estranho.

A capacidade de “comer” e migrar dos fagócitos, que inicialmente permitiu a nutrição de outras células do organismo, assume um novo papel em animais com digestão extracelular. Estas células exercem agora um papel regulativo, mantendo a integridade do organismo através da fagocitose de invasores (e.g. bactérias) e limpeza de debris celulares. Este cenário é um prato cheio para biólogos interessados em evolução! Nesta altura da história eu já me encontrava imerso no maravilhoso mundo da fagocitose, a resposta para tudo… meus amigos que o digam ;-)

A universalidade da fagocitose no reino animal (com raríssimas exceções) deixou Metchnikoff sem dúvidas da importância deste fenômeno para a vida dos animais, sugerindo que estas células seriam as responsáveis pela criação e manutenção da identidade de um organismo. O reconhecimento de elementos estranhos ao organismo cabia aos fagócitos. Partindo de estudos descritivos de embriologia comparada, passando pela fisiologia das linhagens celulares e suas interações, e sempre tentando entender a origem dos animais num contexto evolutivo, este russo promoveu um salto conceitual no entendimento do que é um organismo. A noção que o organismo têm uma resposta ativa à invasores patogênicos é a base da imunologia até hoje.

Depois de muitas controvérsias Élie Metchnikoff e Paul Ehrlich dividiram o Prêmio Nobel de Fisiologia ou Medicina de 1908, pelas suas contribuições no estudo do sistema imune.

Ler esta história foi fantástico pra mim e definitivamente moldou meus interesses na biologia. Não imagino o que teria feito se não tivesse conhecido Metchnikoff, haha. Também me tornei obsessivo. Lembro que qualquer pergunta biológica poderia ser respondida com apenas uma palavra: fagocitose. Foi uma experiência interessante, até que comecei a ter aulas de botânica, e de repente percebi… células vegetais tem parede, não saem migrando e fagocitando por aí…!!! :-O Foi um choque. E assim caminha a ciência.

Ps: acreditando que a imunidade estava ligada à nutrição, Metchnikoff popularizou o consumo de iogurtes para combater os efeitos deletérios de bactérias tóxicas presentes na flora intestinal, e assim promover a longevidade. É por causa do Metchnikoff que comemos iogurte e tomamos yakult!


Este tópico faz parte do Carnaval Científico, com o tema “Um cientista em minha vida”, promovido pelo Carlos e Atila. Leia outros no tópico agregador!

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Evolução de uma música (parte 1)

A idéia surgiu por volta de 2001 enquanto tocava violão. É uma base bem simples [Cmaj7 > D/Gmaj7 > Em > D/Gmaj7] e dá pra ficar tocando muito tempo a mesma coisa…

Ouça a idéia inicial gravada no violão e transformada em mp3:

O primeiro passo foi passar a idéia para o computador. Qualquer editor de midi é suficiente, só é necessário acertar a dinâmica das notas para a levada não ficar muito quadrada. Também decidi colocar o andamento em 110 bpm. Veja a idéia no editor de notas do Reason 3.0, abaixo, clique para ampliar:

sequencer tema

Na seqüência damos um timbre para esse instrumento. Escolhi uma guitarra stratocaster que achei no módulo Combinator do programa. Ouça como ficou com o novo timbre mp3.

Gostei do timbre, mas como ele é bem sequinho resolvi colocar um echo para deixar a levada mais fluida. Usei o RV7000 Advanced Reverb que é um ótimo módulo para reverb do Reason 3.0. O echo está sincronizado com o andamento da música. Veja o rack do instrumento com o módulo do reverb aberto.

rack tema

O resultado você escuta aqui mp3.

Este foi o início desta música que está começando a se formar. Por hora chamei-a de Andança.

Arquivos

  • Idéia (violão) | mp3
  • Idéia (Reason) | mp3
  • Idéia Echo (Reason) | mp3
  • Andança1 (arquivo do Reason3.0) | rns
  • Andança1 (midi) | mid
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Quick Set Scale, macro para o ImageJ

Como vocês já devem ter lido por aqui, gosto e uso bastante o ImageJ, um software de processamento de imagens. Uma das tarefas que faço frequentemente é medir “coisas” que estudo. Essas coisas podem ser células, embriões, larvas, seres do plâncton, ou bolachas-do mar adultas.

Para fazer as medições você precisa calibrar a foto informando ao programa qual é o tamanho (em cm, mm, µm, etc…) de cada pixel. Por exemplo, se cada pixel equivale a 1cm e a célula que fotografei tiver 800 pixels de diâmetro, o diâmetro real desta célula é de 800 cm (8 metros!).

Escala micrométrica utilizada para calibrar a escala no ImageJ.

Para descobrir que valor usar é simples, tire uma foto de uma escala numérica (uma régua, ou algo que você saiba o tamanho com precisão) , e lembre-se de não alterar o zoom e posição da câmera, ou o aumento do microscópio quando bater suas fotos. Se precisar mudar, bata outra foto da escala com a nova configuração!

Como eu tenho imagens com diferentes aumentos, mas sempre tirados com a mesma câmera, objetivas, microscópio e lupa, fiz uma pequena macro para facilitar minha vida. A macro simplesmente calibra a foto de acordo com valores pré-determinados pelo usuário (meus equipamentos, um microscópio e uma lupa). Pra usar você precisa descobrir quais valores você deve colocar! Não use os valores que estão no código original! Tentei deixar bem fácil para alterar esses valores e adicionar outros equipamentos.

Pra usar é só salvar o código como um arquivo .txt, colocar na pasta ImageJ/macros/toolsets e reiniciar o ImageJ. Esse código foi melhorado pelo Wayne Rasband, que criou o ImageJ, quem quiser ver a versão anterior tem aqui (não use a versão anterior… é só para quem tiver curiosidade em comparar as mudanças). O Quick Set Scale foi incorporado na versão 1.39g do ImageJ!

Depois coloco umas fotos… :-)

// Quick Set Scale v0.99 - 15/10/2007
// Copyleft - Bruno C. Vellutini
// Macro specific for Compound Microscope Zeiss Axioplan2 and Stereoscope Zeiss Stemi SV11 APO
// with photos taken with a Nikon Coolpix 4500 camera (max zoom)
// If you are using this macro you need to input your own values
// specific for your scope and camera set up

var global = false;

macro "Unused Tool - " {}

macro "Quick Set Scale Action Tool - C037L1cfcL1a1eLfafeL8b8dL5b5dLbbbdT0707qT4707uT8707iTa707cTe707k" {

Dialog.create("Quick Set Scale");
// Write the name of the equipments you want to quickly set scale in the array below
Dialog.addChoice("Equipment:", newArray("Microscopio Zeiss Axioplan2", "Lupa Zeiss Stemi SV11 APO"));
Dialog.show();
equip = Dialog.getChoice();

// Options for Axioplan2
if (equip=="Microscopio Zeiss Axioplan2") {
// Write the magnifications available for your equipment
magnifications = newArray("2.5x", "10x", "20x", "40x", "100x");
scales = newArray("2.0450",  "0.5277", "0.2571", "0.1333", "0.05255");
setScale("Zeiss Axioplan2", magnifications, scales);
}

// Options for Stereoscope.
if (equip=="Lupa Zeiss Stemi SV11 APO") {
magnifications = newArray("0.6x", "0.8x", "1.0x", "1.2x", "1.6x", "2.0x", "2.5x", "3.2x", "4.0x", "5.0x", "6.6x");
scales = newArray("5.788712012", "4.246284501",  "3.318620781", "2.631509697", "2.087682672",
"1.680672269", "1.353784505",  "1.06835324", "0.850340136", "0.661371287",  "0.506072874");
setScale("Lupa Zeiss Stemi SV11 APO", magnifications, scales);
}
}

function setScale(name, mag, scale) {
Dialog.create(name);
Dialog.addChoice("Objective:", mag);
Dialog.addCheckbox("Global Scale", global);
Dialog.show();
magnification = Dialog.getChoice();
global = Dialog.getCheckbox();
options = " distance=1 pixel=1 unit=micron known=";
for (i=0; i
if (magnification==mag[i]) options = options + scale[i];
}
if (global) options = options + " global";
run("Set Scale...", options);
}