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20h30. Pela primeira vez acima de 15° C 🙂

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Dias longos.

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6 meses

Hoje completam seis meses que cheguei aqui. Passou rápido, mas também foram bem intensos. Estou gostando bastante do laboratório, era exatamente o que queria: embriões, larvas e evolução de invertebrados marinhos. Meu projeto é estudar alguns processos do desenvolvimento em larvas marinhas diferentes e compará-los. Além de estudar as formas, que foi o que fiz com as bolachas, estou olhando a expressão de genes. Aprendi o básico do molecular e confesso que estou gostando, mas ainda falta ficar “fluente” em várias coisas.

É tudo muito engenhoso… primeiro eu preciso descobrir os genes que um organismo tem. Pra isso coletamos amostras de tecido ou embriões/larvas, extraímos o DNA/RNA e enviamos este material bruto para ser sequenciado, ou seja, uma máquina vai ler a informação, organizar e passar para o computador. Com estas sequências posso checar se o organismo tem determinado gene; faço isso comparando com genes já descritos de outras espécies. Bam, encontrei o gene que queria. Mas meu objetivo é descobrir onde este gene está ativo nos embriões, é no olho, na boca, no ânus, na barriga? Para isso eu primeiro preciso de uma boa quantidade de cópias do gene para conseguir trabalhar. Começo construindo duas curtas sequências que são complementares com a sequência do gene. Coloco o DNA, as sequências e uma enzima num tubinho numa máquina. Essas sequências vão grudar uma em cada canto do gene e tudo que estiver entre elas vai ser replicado. Isso acontece exponencialmente e em menos de 3h eu tenho zilhões de cópias do meu gene no tubinho.

Essas cópias degradam com o tempo, por isso faço uma reação que vai inserir cada cópia em um DNA circular, que é muito mais estável. Mas ainda não sei se o que inseri no DNA circular é a cópia do meu gene original. Por isso, misturo este DNA com bactérias e dou um choque térmico nelas, que no susto incorporam o DNA circular. Deixo as bactérias crescendo e vejo as bactérias que consequiram incorporar o DNA circular; pego essas e deixo elas se multiplicarem a vontade, pois assim estarão fazendo mais cópias. Por fim, explodo as bactérias para deixar apenas o DNA circular, faço mais um round de replicação e mando essas amostras para sequenciar para saber se as cópias que tenho são mesmo do meu gene ou se alguma outra coisa foi replicada por engano.

Chega a hora de usar o gene que “clonei” acima para criar uma sonda. Basicamente é pegar a sequência e criar uma sequencia complementar que ao entrar em contato com o embrião, vai grudar onde o gene original estiver ativo. Só é preciso grudar um anticorpo na sonda para que consigamos ver aonde foi que a hibridização ocorreu. E com isso sabemos onde os genes estão sendo expressos e podemos inferir o papel deles na formação das estruturas dos embriões. No geral isso demora umas 2 semanas, só que pode não dar certo… Estou começando a ter alguns resultados (o que dá um ânimo extra), mas algumas coisas ainda não estão funcionando (e ainda não sei pq). Mas também é meio inevitável quando você trabalha com organismos que pouca gente estuda.

Com isso vocês podem ter uma idéia melhor do que é o trabalho, apesar de que só expliquei as moléculas… Acho que 6 meses não cabem num post só, vou tentar escrever o próximo logo.

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Mais um biscoito?

Exatos seis meses atrás saiu uma matéria na Ciência Hoje das Crianças online sobre as bolachas-do-mar que ainda não tinha colocado aqui. Clique na imagem ou aqui para ler.

Tem biscoito na areia? Com vocês, a bolacha-do-mar!

Pouco menos de seis meses antes disso saiu um post no Scientist at Work Blog do Rich Mooi, especialista em ouriços irregulares. O post, “The Hidden World of Heart Urchins” tem uma foto de uma bolacha-do-mar “fofinha” que precisava compartilhar 🙂

Clypeaster humilis by Rich Mooi
Clypeaster humilis by Rich Mooi
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Mestre em LaTeX de roupa nova

Aproveitando que algumas pessoas me mandaram suas modificações do Mestre em LaTeX nesta semana, resolvi tirar a poeira de lá. Migrei o desenvolvimento para o GitHub, onde mantenho meus programas: github.com/nelas/mestre-em-latex. Agora fica mais fácil pra outras pessoas contribuirem criando um clone ou editando o wiki. O screenshot abaixo é da nova página que fica mais elegante e convidativa: nelas.github.com/mestre-em-latex

nelas.github.com 2012-5-6 1:25:26

Os arquivos foram baixados quase 4 mil vezes desde 2009; não é muito, mas imagine esse tanto em teses empilhadas… 🙂 Agora vem o trabalho de verdade que é incorporar as contribuições e resolver pendências antigas.