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Gene Fetcher tool no Zim Desktop Wiki

Tenho usado o Zim Desktop Wiki como caderno de anotações faz algum tempo. Ele salva as notas como arquivo texto com marcação wiki permitindo que eu acesse o conteúdo diretamente com outros editores e facilitando o backup (eg, pasta de notas sincronizada no Dropbox).

Comecei a mexer com genes no doutorado e estava guardando as sequências em arquivos texto soltos por aí. Pra manter as coisas organizadas (já que a quantidade de genes começou a aumentar) resolvi tentar guardar cada sequência em uma nota separada no Zim. Assim posso organizar os genes de maneira mais intuitiva, fica mais fácil encontrar o que estou procurando e ainda posso acessar as sequências programaticamente com scripts.

Cada gene pode ter marcadores indicando que aquela página é uma sequência, o organismo, o tipo de gene (relacionado com que processos do desenvolvimento) e o nome mais comum para agrupar genes ortólogos. Com os marcadores fica fácil filtrar as notas. Na imagem abaixo eu cliquei no gene vasa e de cara dá pra ver que tenho as sequências do peixe paulistinha (D. rerio), humanos (H. sapiens) e drosófila (D. melanogaster).

Example of gene sequence in Zim Desktop Wiki importado com o Gene Fetcher.
Example of gene sequence in Zim

O link para a sequência no NCBI também é útil, caso precise voltar lá para checar alguma informação. Por fim tenho a sequência no formato FASTA, que é o que vou usar na maioria dos casos. Criar uma página assim consome alguns comandos, copy/paste e cliques, então fiz um script simples para automatizar isso.

No Zim você pode rodar scripts customizados que interagem com as páginas do caderno de notas. Criei o Gene Fetcher para gerar a página a partir do identificador da sequência. Basta você colar o identificador numa nova página, selecioná-lo com o cursor e rodar. As informações serão adicionadas ao final da página.

Nada muito revolucionário, mas útil. Pelo menos pra mim, por enquanto. Também pode ser usado fora do Zim, é só passar os argumentos certos.

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Vigésimo de 45

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Vigésimo de 45 equipes e medalha de ouro!

Sprek Stafett 21km01:35:594:32 min/km
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Um sábado qualquer

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Começa com a meia maratona de Bergen. Vou correr 1.9km (com subida) na equipe do Sars. A previsão é de 3°C… com confraternização no final. Depois mandar IR, acabar um resumo e mandar pro congresso, e por fim um show de noite!

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Meteograma inédito

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13 °C!
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Preikestolen

Voltamos de Stavanger ontem. A trilha pra Preikestolen é legal e não muito cansativa, mesmo cheio de neve e um pouco escorregadia. O topo da pedra está a 600 metros da água com vista para o Lysefjorden. Não tive coragem pra chegar muito na beira, mas a Ju se pendurou lá. Quem sabe na próxima ida, quando a pedra não estiver coberta de neve! O rapazote de neve com chapéu engraçado é o Telôncio I.

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Stavanger

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Como a páscoa por aqui é um feriado longo (quarta à segunda) viemos passar uns dias em Stavanger. Fica mais ao sul de Bergen e se o tempo estiver bom vamos fazer a trilha da Preikestolen (a pedrinha da foto).

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Neve surpresa

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No fim de semana passado esfriou e nevou de novo! O tempo ficou alternando entre tempestade de neve e sol e céu azul, bem maluco.

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Neve de novo

Achei que não ia mais nevar 🙂