Updates from May, 2012 Toggle Comment Threads | Keyboard Shortcuts

  • nelas 9:32 on 2012/05/06 Permalink | Reply
    Tags: github,   

    Mestre em LaTeX de roupa nova 

    Translate original post with Google Translate

    Aproveitando que algumas pessoas me mandaram suas modificações do Mestre em LaTeX nesta semana, resolvi tirar a poeira de lá. Migrei o desenvolvimento para o GitHub, onde mantenho meus programas: github.com/nelas/mestre-em-latex. Agora fica mais fácil pra outras pessoas contribuirem criando um clone ou editando o wiki. O screenshot abaixo é da nova página que fica mais elegante e convidativa: nelas.github.com/mestre-em-latex

    nelas.github.com 2012-5-6 1:25:26

    Os arquivos foram baixados quase 4 mil vezes desde 2009; não é muito, mas imagine esse tanto em teses empilhadas… :) Agora vem o trabalho de verdade que é incorporar as contribuições e resolver pendências antigas.

     

    • Paul 14:56 on 2012/05/06 Permalink | Reply

      Vou dar uma olhada assim que possível! =D

      ow, tem como escurecer um pouco a fonte no github? quase não dá para ler o texto com aquele tom de cinza.

  • nelas 21:13 on 2012/04/29 Permalink | Reply
    Tags: biopython, , zim   

    Gene Fetcher tool no Zim 

    Translate original post with Google Translate

    Tenho usado o Zim Desktop Wiki como caderno de anotações faz algum tempo. Ele salva as notas como arquivo texto com marcação wiki permitindo que eu acesse o conteúdo diretamente com outros editores e facilitando o backup (eg, pasta de notas sincronizada no Dropbox).

    Comecei a mexer com genes no doutorado e estava guardando as sequências em arquivos texto soltos por aí. Pra manter as coisas organizadas (já que a quantidade de genes começou a aumentar) resolvi tentar guardar cada sequência em uma nota separada no Zim. Assim posso organizar os genes de maneira mais intuitiva, fica mais fácil encontrar o que estou procurando e ainda posso acessar as sequências programaticamente com scripts.

    Cada gene pode ter marcadores indicando que aquela página é uma sequência, o organismo, o tipo de gene (relacionado com que processos do desenvolvimento) e o nome mais comum para agrupar genes ortólogos. Com os marcadores fica fácil filtrar as notas. Na imagem abaixo eu cliquei no gene vasa e de cara dá pra ver que tenho as sequências do peixe paulistinha (D. rerio), humanos (H. sapiens) e drosófila (D. melanogaster).

    Example of gene sequence in Zim

    Example of gene sequence in Zim

    O link para a sequência no NCBI também é útil, caso precise voltar lá para checar alguma informação. Por fim tenho a sequência no formato FASTA, que é o que vou usar na maioria dos casos. Criar uma página assim consome alguns comandos, copy/paste e cliques, então fiz um script simples para automatizar isso.

    No Zim você pode rodar scripts customizados que interagem com as páginas do caderno de notas. Criei o Gene Fetcher para gerar a página a partir do identificador da sequência. Basta você colar o identificador numa nova página, selecioná-lo com o cursor e rodar; as informações serão adicionadas ao final da página.

    Nada muito revolucionário, mas útil; pelo menos pra mim, por enquanto. Também pode ser usado fora do Zim, é só passar os argumentos certos.

     

    • Emilio 14:12 on 2012/04/30 Permalink | Reply

      Não baixei e nem olhei o script que você fez, mas ainda assim te dou os parabéns.
      Tenho acompanhado o seu blog faz algum tempo e fiquei feliz ao ver que você agora vai encarar os genes, ainda mais qdo vi que era “vasa”.

      Você vai estudar a expressão deles nas bolachas que você estudou antes?
      Como você vai fazer isso? Primers degenerados?
      Se você precisar, podemos conversar sobre isso. Eu fiz um sanduíche tentando encontrar genes em esponjas. Dá um monte de trabalho, mas o resultdo é bacana!

    • nelas 19:31 on 2012/05/01 Permalink | Reply

      Oi Emilio, prazer! É, agora estou encarando os genes e gostando bastante (bem mais do que imaginava), mas ainda falta dominar as in situs, hehe. A idéia é ver a expressão de genes da linhagem germinativa em alguns lophotrochozoa (bryozoa, brachiopoda, nemertea) e comparar com o que já é mais conhecido (mollusca, polychaeta) pra ter uma idéia da diversidade dos padrões de desenvolvimento.

      Como temos (ou teremos, para algumas) o transcriptoma das espécies fica mais fácil clonar, no máximo precisa estender algum gene cuja sequência não estava completa.

      Mas você também mexeu com vasa nas esponjas? Podemos trocar uma idéia por email se preferir!

      abs! valeu pelo comentário!

      • Emilio 20:04 on 2012/05/06 Permalink | Reply

        Pois é cara!
        Eu fiz insitus de vasa em esponjas sim e trabalhei um pouco com primers degenerados. Não sei se você tem acesso ao meu email, mas acho que fica mais fácil se comunicar por lá, pq ai eu posso ver a mensagem. Eu só passo aqui quando você publica uma coisa nova no site. hehehe… Me escreve lá pra gente trocar umas ideias.

  • nelas 16:46 on 2011/06/25 Permalink | Reply
    Tags: api, diversidade, django, mendeley, , referências bibliográficas, taxonomia   

    Living bibliography 

    On a Saturday morning a few weeks ago I bumped into the Hack4Knowledge, a meeting to build apps, tools and remixes with existing databases to innovate and enrich the creation and dissemination of knowledge.

    I was already playing with Mendeley API and took the opportunity to put an idea into practice: aggregate bibliographic references related to a taxon. It is not a particularly new idea, and it also does not differ much from searching a taxon name on google or scopus, but since Mendeley database is based on its users’ collections, it is possible to extract some interesting information. For example, find out which articles are more popular ou create trending topics with popular taxa based on the number of readers and related publications.

    Living Bibliography Home Page

    Living Bibliography home page

    Regardless of the source, article data also allows to extract useful information such as the most active authors on a certain taxon, network of collaborators, annual variation in the number of related articles, popular research topics for each group, etc. Integrating the data and using visualization tools it would be possible to “see” holes in the knowledge or follow the history of one’s research.

    Imagine if every article was freely available with contained information (metadata) about the studied organisms with taxonomic classification, occurrence data, collection sites, dna sequences, citations with semantic markup, research topics, hypotheses to test, methods, raw data, etc. Anyone would be able to have a summary of the current knowledge about an organism. Specially interesting to set research quidelines and avoid spending money with the same mistakes; optimization of science. And do not forget about the possibility to attach observations, annotations, discussions, unsolved questions, and other collaborative activities.

    Well, after creating a prototype of the idea, I have just pust the basic functions of the aggregator to work. Nothing I wrote above is included, just a search interface where you can use a scientific or common name and a page for each taxon with a list of related references and some sorting options. If a taxon is not in the database, it searches in realtimes, therefore, it is necessary to wait a little and reload the page (at least until I automate this).

    Living Bibliography Taxon Page

    Living Bibliography taxon page

    If you are interested you can test the Living Bibliography at livingbib.organelas.com. Just remember it is completely experimental, I do not garantee that your favorite articles will appear or that the information will be accurate (there are many duplicated articles, wrong author names, badly formatted titles, swapped journal names, and so on at Mendeley). I don’t know how much I’ll be able to work on it, but the source code is open and I would love to hear ideas and suggestions :)

     

  • nelas 23:59 on 2010/05/01 Permalink | Reply
    Tags:   

    Mestre em LaTeX v0.2 

    Translate original post with Google Translate

    Acabo de lançar uma nova versão do Mestre em LaTeX! Fiz uma boa limpeza no código e corrigi os poucos (mas importantes) bugs que haviam sido reportados. As principais mudanças foram a melhoria da formatação dos elementos pré-textuais (capa até sumário), o ajuste para que seções comecem sempre nas páginas ímpares e re-estruturação do texto. Veja mais detalhes sobre as atualizações desta versão aqui. Para baixar:

    Mestre em LaTeX v0.2 – 2010-05-01 [zip com 502kb]

    ou visite o site para mais informações: http://code.google.com/p/mestre-em-latex/

    Para a próxima versão deixarei o texto mais didático, já que ficou um pouco bagunçado depois do rearranjo, e adequarei o documento de acordo com as normas da ABNT para a apresentação de documentos acadêmicos.

    Desde 29 de janeiro de 2009 a primeira versão foi baixada 767 vezes e pelo menos 2 dissertações foram defendidas com sucesso (essa do gepeto e essa do zué; além da minha ;) ). Se alguém tiver notícia de mais alguma me avise. Agradeço a todos que me relataram bugs ou me escreveram, mesmo que só para dizer que o MeL* havia funcionado (ou não) nos seus sistemas. Continuem mandando sugestões!

    • apelido carinhoso
     

    • Paul 6:50 on 2010/05/02 Permalink | Reply

      Alguns pequenos comentários:

      1- dê uma olhada no pacote SIunits, é muito bom. É como uma extensão do units. Preste atenção nas incopatibilidades com o amsmath e pstricks… (isto está explicado no pdf do SIunits) basicamente ele define duas funções que já existem nestes pacotes \square \grey (se eu nao me engando). Para corrigir isto, basta colocar uns options no includepackage para que ele não redefina as funções.

      2- Quanto à ifenização. Eu não gosto da hifenização em pt. Já encontrei muita separação silábica errada. Não sei como está isso hoje em dia, não sei se corrigiram. Nevertheless, acho que separação silábica no final da linha é um recurso da época que usávamos máquina de escrever e, em que quando chegávamos no final da linha, quebrávamos a palavra (pq não tinha um backspace na máquina de escrever =) ) O que eu faço nos meus documentos é usar

      \usepackage[none]{hyphenat}

      Com isto, alguns problemas de justificação de final de linha vai dar problema. Para corrigir isto, eu uso

      \sloppy

      no preâmbulo do documento.

      3- Gostei dos links na legenda da figura 2.3! =D

      4- Há a opção para inserir referências por ordem numérica?

      5- não conhecia esse booktable

      6- Makefile só com pdflatex? e se o cara usa só imagens .eps/.ps/.pdf?

      Good Job soldier!

    • Paul 7:12 on 2010/05/02 Permalink | Reply

      continuando…

      7- Eu costumo definir alguns macros para facilitar o meu trabalho, assim fica mais fácil adicionar referências:

      \newcommand{\figref}[1]{Figura~\ref{#1}}
      \newcommand{\tabref}[1]{tabela~\ref{#1}}
      \newcommand{\secref}[1]{seção~\ref{#1}}
      \newcommand{\apref}[1]{apêndice~\ref{#1}}

      e também para inserir figuras. assim economizo tempo e o .tex fica mais limpinho um pouco:

      • comando \imagem serve para inserir figuras de forma rápida:

      \imagem{banana.eps}{Esta é a legenda.}{fig:este_eh_o_label}{10cm}

      \newcommand{\imagem}[4]{\begin{figure}[H]
      \center
      \includegraphics[width=#4]{./imagens/#1}
      \caption{#2}\label{#3}
      \end{figure}}

      só coloco a opcao de tamanho para a largura, pq julgo que seja o mais comum.

      • \imagemg:

      \newcommand{\imagemg}[5]{\begin{figure}[H]
      \center
      \includegraphics[width=#4]{./imagens/#1}
      \caption[#5]{#2}\label{#3}
      \end{figure}}

      é a mesma coisa, mas tem um caption extra. este caption extra é uma versao menor do caption para ficar na lista de figuras:

      \imagem{banana.eps}{Esta é a legenda longa e cheia de detalhes a respeito da foto de uma banana, que fica horrível na lista de figuras pois é muito comprida e cheira de palavras.}{fig:este_eh_o_label}{10cm}{Foto da Banana}

      8- Note que as imagens estão dentro de um subdiretorio do documento ./imagens. Talvez fosse legal citar algos desse tipo no MeL. Pode ser que o usuário comum não saiba desta possibilidade de organizar as imagens, deixar as imagens separadas ajuda bastante!

      9- Ah, vale a pena tbm falar para NÃO colocar espaço em nome de arquivos, NEM acentos. a nao ser que o cara queira problemas de compatipilidade entre sistemas, eu um estiver usando utf-8 e outro iso8859-1. =D

      9- Avise também que vc está usando aí nos seus .tex o encoding utf-8! Eu abri aqui e tava como iso8859-1… aí já viu =)

    • Paul 7:21 on 2010/05/02 Permalink | Reply

      mais novas idéias!! =D

      acabei de ter uma idéia: pq não adicionar no Makefile (ou em algum tools.sh) algumas ferramentas como por exemplo um conversor de formato de imagens:
      1) jpg -> eps
      2) eps -> jpg
      3) jpg -> png

      imagino que o convert do ImageMagick resolve isso sem problemas. O script poderia ser algo que procura recursivamente as figuras, ou faz em uma lista especificada de figuras. Se vc quiser, eu escrevo pra vc este script. Deve ter outros tools interessantes tbm, mas afora não to conseguindo pensar ema nada. =P

      outro comment:

      para organizar meu .bib, eu uso o jabref. (http://jabref.sourceforge.net/)
      esse programinha aí é mto legal e tem muitos features legais, como procura online (apesar que nunca usei). Deixa inclusive vc linkar o documento a referência, assim vc nao precisa procurar no seu computador todo onde está o maldito pdf da referência… =D
      Eu tenho aqui no meu computador um único .bib central, que chamo de biblioteca.bib.

    • Paul 7:28 on 2010/05/02 Permalink | Reply

      Mais idéias (tá, esse é o último, prometo)

      olhei o seu pdf compilado e o .tex e tudo mais té bem explicadinho e tal. Talvez fosse legal preparar um documentinho “boas práticas no latex para noobs” e por junto do MeL, com dicas do tipo:

      • jabref (ou similar)
      • que é legal organizar as imagens em diretorios
      • que formato de imagem usar
      • pq usar imagens .eps em gráficos

      essas coisinhas que são mto simples, mas que, em geral, não são observadas por aí e temos que aprender por conta.

      Posso ajudar nisso se vc quiser.

      bom, acho que meus comentários acabam aqui…. ou não XD

    • Paul 10:37 on 2010/05/02 Permalink | Reply

      ok, sou eu de novo… rsrs

      1-) tava olhando o meta.tex e o pre.tex …

      achei um pouco complicado, para o usuário nao acostumado com latex, para colocar o titulo da tese, area da pesquisa, nome, etc…

      pelo que vi, o cara tem q cololcar essas coisas no meta.tex nao é?

      pq vc nao faz assim (exemplo para o autor, o resto é igualzinho):

      no seu meta.tex vc define
      \newcommand{\autor}[1]{\renewcommand{\MeLautorNome}{#1}}

      aí o cara, no .tex dele, (nao no pre.tex) pode simplesmente escrever

      \autor{Jośe da Silva Xavier}

      pronto, agora no seu pre.tex, vc pode mandar colocar na pagina de titulo simplesmente \MeLautorNome

      obs:
      não esqueca que tbm pode ter co-orientador

      2-)

      2-a) pq vc nao cria um comando para a capa, folha de rosto, folha de aprovacao, etc?

      \capa
      \folhaderosto
      \fichaCalatografica

      para a ficha catalografica, o que eu fiz pra poli é:

      \newcommand{\permissaocopia}[1]{\newcommand{\permissaocopia}{#1}}

      \newcommand{\fichacatalografica}[1]{
      \begin{titlepage}
      \espaco{1.1}

      \hspace{-2.5cm}
      \begin{minipage}{1.0\textwidth}
      \begin{espacosimples}
      \ifthenelse{\equal{\permissaocopia}{sim}}{\MakeUppercase{autorizo a reprodução e divulgação total ou parcial
      deste trabalho, por qualquer meio convencional ou eletrônico, para fins de estudo e pesquisa, desde
      que citada a fonte.}}{não autorizo a reprodução e divulgação total ou parcial
      deste trabalho, por qualquer meio convencional ou eletrônico.}
      \end{espacosimples}
      \end{minipage}

      \small
      \vspace*{13cm}
      \hspace{-2.5cm}
      \begin{minipage}{1.0\textwidth}
      \begin{center}
      \begin{tabular}{c}
      {\normalsize \bf \MakeUppercase{Ficha catalográfica}}\\\\
      \end{tabular}
      #1
      \end{center}
      \end{minipage}
      \end{titlepage}
      }

      para chamar a bagaca:

      \fichacatalografica{\begin{tabular}{|l|} \hline]\\
      tabela\\
      …
      tabela\\
      \hline
      \end{tabular}
      } (note que o parametro que estou passando eh uma tabela)

      e pra configurar esse \permissaocopia

      \permissaocopia{sim} % ou nao

      2-b) nao sei se o pre.tex é necessário. Por que vc nao trabalha criando uns environments no meta.tex? por exemplo para as dedicatorias:

      \newenvironment{dedicatoria}%
      {
      \noindent{\LARGE\textbf{Agradecimentos}}
      \begin{minipage}{0.3\textwidth}
      \vspace{14cm}
      \doublespacing
      }
      {
      \end{minipage}
      \newpage
      }

      assim, o cara no texto dele pode escrever

      \begin{dedicatoria}
      Aos meus pais e irmãos.

      Dedico também ao papai noel por me dar presentes, etc…
      \end{dedicatoria}

      vc pode tbm definir parametros no environment, como no caso da epigrafe, cujo parametro é o nome do autor, que deve ser colocado abaixo do texto, um pouquinho para a direita (este exemplo funfa, eu testei aqui colocando no seu meta.tex) Fiz assim pra poli:

      \newsavebox{\nome}
      \newenvironment{epigrafeFe}[1]
      {
      \sbox{\nome}{\textit{#1}}
      \begin{center}
      \begin{minipage}{0.7\textwidth}
      \vspace{4.5cm}
      }
      {\begin{flushright}
      \usebox{\nome}
      \end{flushright}
      \end{minipage}
      \end{center}
      \newpage
      }

      e o cara sé escreve no texto dele algo do tipo:

      \begin{epigrafe}{Albert Einstein (1879$-$1955)}
      “Tenha em mente que tudo que você aprende na escola é trabalho de muitas
      gerações. Receba essa herança, honre-a, acrescente a ela e, um dia, fielmente,
      deposite-a nas mãos de seus filhos.”
      \end{epigrafe}

      obs: note que eu já coloco o \newpage dentro da definicao do environment.. assim o cara nao precisa se preocupra com isso.. rá! =D

      no final da história, o cara teria o seguinte no tex dele:

      no preambulo, ele colocaria
      \autor{José da Silva Xavier}
      \titulo{Este é o título do Trabalho}
      \areaconcentracao{Engenharia mecânica}
      \orientador[]{Prof. Dr. Bla bla}
      \coorientador[]{}
      \comentario{Dissertacao apresentada ao Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, para a obtenção bla bla bla}
      \instituicao{UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO \par ESCOLA POLITÉCNICA}
      \local{São Paulo}
      \data{2010}

      \permissaocopia{sim} % ou nao

      aí no pré.tex (simplificado) dele teria algo:

      \capa
      \folhaderosto
      \folhadeaprovacao

      \begin{dedicatoria}
      bla bla bla
      \end{dedicatoria}

      \begin{epigrafe}{autor desconhecido}
      agua mole e pedra dura, tanto bate até que fura
      \end{epigrafe}

      \begin{resumopt}
      macaco
      \end{resumopt}

      \begin{resumoen}
      monkey
      \end{resumoen}

      etc…

      bom, vc pegou a idéia… deste jeito, o pre do cara fica mto mais fácil de ver.

    • nelas 22:15 on 2010/05/02 Permalink | Reply

      Paul! Valeu muito pelos comentários! Vou organizar as sugestões para acrescentar no tracker do MeL e ir incorporando.

      Você sabe mexer com mercurial? Se souber, acho que seria o jeito mais prático de ajudar, eu te coloco como colaborador do projeto e você pode editar os arquivos e submeter para o site direto. Se não também, se você quiser corrigir alguma coisa é só me mandar.

      Agora aos comentários!

      Vou checar o pacote SIunits e mais um outro (que não lembro o nome), mas que tem a mesma função. Cogitei até em tirar o units e formatar o espaço entre a unidade com o comando \, mas acabei não achando que seria tão bom.

      Nunca tive problemas com a hifenação, mas talvez não tenha reparado. De qualquer modo se aparecer algo errado dá pra ensinar o compilador com o co\-man\-do \-

      Os links da subfig são legalzinhos mesmo, mas na prática não acho muito úteis… hehe.

      Para inserir as refs em ordem númerica é só trocar o estilo no \bibliographystyle{}. Deixei apalike por padrão (tb preciso checar o que a ABNT diz…), mas se trocar funciona igual. Talvez valha a pena deixar a opção lá.

      Gosto bastante do booktable. Acho a tabela padrão bem feinha…

      Tudo do MeL fiz pensando em compilar com o pdflatex pq era o q eu estava usando, mas acho que vale a pena colocar a opção para gerar ps/dvi. Aliás a idéia de criar um Makefile é sua e ajudou muito! Até incluí o gerador de abreviaturas nele pra facilitar (já q era a parte mais “complexa” pra executar). Vi alguém usando o ifthenelse para escolher o pacote graphics dependendo se a compilação fosse latex ou pdflatex. Achei bem legal, acho que vou incorporar.

      Gostei bastante dos novos comandos para inserir os links internos e figuras. Realmente bem mais prático. Vou incluir!

      Na versão anterior as imagens estavam dentro de uma pasta própria. Nessa versão achei melhor simplificar e deixar em uma pasta só, mas a opção ainda está disponível no meta.tex! É só descomentar.

      Vou colocar a codificação em algum lugar… talvez no LEIAME?

      Eu tenho uns scripts pra converter imagens tb (imagemagick rulez), mas acho que separado do Makefile seria melhor.

      Usei o JabRef um bom tempo! Agora estou usando mais o Mendeley, que ainda não chegou lá, mas está indo bem. Mas vira e mexe ainda volto no jabref pra abrir coisas lá. Seria legal incluir dicas assim, talvez no Wiki direto, ou mesmo ao longo do texto. Acho que caberia bem.

      Criar os comandos e ambientes para limpar o pre.tex é uma idéia bem boa. Só me pergunto se o cara que olhar aquilo pela primeira vez não vai achar muito mais complicado entender como que um \capa funciona do que olhar os elementos da capa direto ali no pre.tex seguido dos outros elementos. De qualquer modo, acho que vai valer muito a pena implementar isso pq fica muito mais prático.

      Paul, obrigadão!

    • Taci 12:58 on 2010/12/10 Permalink | Reply

      Oi! Gostei muito do mestre em latex e já defendi minha qualificação de mestrado com ele. Tem dois problemas que não consigo resolver: Encontrar um estilo de bibliografia que funcione e seja em ordem numérica (mas completa, parecida com a da ABNT) e colocar figuras em outro formato que não o jpg(só consigo este, e as figuras perdem definição). Valeu!

      • nelas 9:19 on 2010/12/13 Permalink | Reply

        Olá Taci,

        Valeu! Legal, saber que você está usando o MeL.

        Para customizar o estilo das referências você pode usar o pacote custom-bib. Ele você vai gerar o arquivo bst baseado numa lista de perguntas sobre como você quer que seja o estilo.

        Você consegue usar figuras como PNG ou TIFF? Ou só JPG que funciona? No meu computador eu consigo usar todos os tipos de arquivo (incluindo figuras em PDF), menos PS e EPS. Para usar estes dois precisaria compilar com o comando latex e não pdflatex (padrão do MeL).

        Se quiser crie uma entrada na lista de bugs clicando aqui e coloque uma descrição do que está acontecendo, com detalhes de quais pacotes você está usando, em qual sistema, etc, para que eu possa achar a origem do bug.

        Abs!

    • Paul 16:56 on 2011/05/06 Permalink | Reply

      onde boto um .tex com algumas modificações que eu tinha proposto?

      • nelas 13:10 on 2011/05/08 Permalink | Reply

        Bom, você pode me mandar por email mesmo ou fazer um fork com o mercurial pelo googlecode ou pelo github. Ou eu posso te colocar como colaborar no googlecode pra vc submeter as modificações. Ve qual vc prefere! Tem meu email?

← Older posts

c
compose new post
j
next post/next comment
k
previous post/previous comment
r
reply
e
edit
o
show/hide comments
t
go to top
l
go to login
h
show/hide help
shift + esc
cancel