Updates from November, 2011 Toggle Comment Threads | Keyboard Shortcuts

  • nelas 21:05 on 2011/11/13 Permalink | Reply
    Tags: doutorado   

    Northern lights 

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    Northern Lights

    Norway by Ole Christian Salomonsen [via boingboing]

     
  • nelas 16:46 on 2011/06/25 Permalink | Reply
    Tags: api, diversidade, django, mendeley, python, referências bibliográficas, taxonomia   

    Living bibliography 

    On a Saturday morning a few weeks ago I bumped into the Hack4Knowledge, a meeting to build apps, tools and remixes with existing databases to innovate and enrich the creation and dissemination of knowledge.

    I was already playing with Mendeley API and took the opportunity to put an idea into practice: aggregate bibliographic references related to a taxon. It is not a particularly new idea, and it also does not differ much from searching a taxon name on google or scopus, but since Mendeley database is based on its users’ collections, it is possible to extract some interesting information. For example, find out which articles are more popular ou create trending topics with popular taxa based on the number of readers and related publications.

    Living Bibliography Home Page

    Living Bibliography home page

    Regardless of the source, article data also allows to extract useful information such as the most active authors on a certain taxon, network of collaborators, annual variation in the number of related articles, popular research topics for each group, etc. Integrating the data and using visualization tools it would be possible to “see” holes in the knowledge or follow the history of one’s research.

    Imagine if every article was freely available with contained information (metadata) about the studied organisms with taxonomic classification, occurrence data, collection sites, dna sequences, citations with semantic markup, research topics, hypotheses to test, methods, raw data, etc. Anyone would be able to have a summary of the current knowledge about an organism. Specially interesting to set research quidelines and avoid spending money with the same mistakes; optimization of science. And do not forget about the possibility to attach observations, annotations, discussions, unsolved questions, and other collaborative activities.

    Well, after creating a prototype of the idea, I have just pust the basic functions of the aggregator to work. Nothing I wrote above is included, just a search interface where you can use a scientific or common name and a page for each taxon with a list of related references and some sorting options. If a taxon is not in the database, it searches in realtimes, therefore, it is necessary to wait a little and reload the page (at least until I automate this).

    Living Bibliography Taxon Page

    Living Bibliography taxon page

    If you are interested you can test the Living Bibliography at livingbib.organelas.com. Just remember it is completely experimental, I do not garantee that your favorite articles will appear or that the information will be accurate (there are many duplicated articles, wrong author names, badly formatted titles, swapped journal names, and so on at Mendeley). I don’t know how much I’ll be able to work on it, but the source code is open and I would love to hear ideas and suggestions :)

     
  • nelas 1:03 on 2011/06/01 Permalink | Reply
    Tags: , wiki   

    A galaxy for insight 

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    By empowering readers and observers with transparent access to the means by which conclusions are reached, rather than assembling them in an audience to hear the Authorities deliver the catechism from on high, we are all of us becoming scientists in this way, entering into a democracy of the intellect that is already bearing spectacular fruit, not just at Wikipedia but through any number of collaborative projects, from the Gutenberg Project to Tor to Linux.

     
  • nelas 20:06 on 2011/01/11 Permalink | Reply
    Tags: política   

    Está bom, filho. Vai pesquisar besouro. 

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    O que você acha da política científica brasileira?

    Está ultrapassada. Principalmente, a gestão científica. Foi por isso que eu escrevi o Manifesto da Ciência Tropical (PS do Viomundo: publicado primeiro aqui mesmo, neste espaço). O mais importante nós temos: o talento humano. Mas ele é rapidamente sufocado por normas absurdas dentro das universidades. Não podemos mais fazer pesquisa de forma amadora. Devemos ter uma carreira para pesquisadores em tempo integral e oferecer um suporte administrativo profissional aos cientistas.

    Visitei um dos melhores institutos de física do País, na Universidade Federal de Pernambuco (UFPE), e o pessoal não tem suporte nenhum. Se um americano do Instituto de Física da Universidade Duke visitar os pesquisadores brasileiros, não vai acreditar. Eles tomam conta do auditório, fazem os cheques e compram as coisas, porque não é permitido ter gestores científicos com formação específica para este trabalho. Nós preferimos tirar cientistas que despontaram da academia. Aqui no Brasil há a cultura de que, subindo na carreira científica, o último passo de glória é virar um administrador do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), do Ministério da Ciência e Tecnologia (MCT) ou da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp). É uma tragédia. Esses caras não tem formação para administrar nada. Nem a casa deles. Não temos quadros de gestores. A gente gasta muito dinheiro e presta muita atenção em besteira e não investe naquilo que é fundamental.

    Se chega um jovem muito talentoso que quer investigar besouro, devemos responder: “Está bom, filho. Vai pesquisar besouro.” Eu não investiria em tópicos, em áreas específicas. Eu investiria primordialmente em gente. Porque se você investir em pessoas talentosas, elas encontrarão nichos em que o Brasil terá benefícios tremendos.

    Nós publicamos mais do que a Suíça. Mas o impacto da ciência suíça é muito maior. Basta ver o número de prêmios Nobel lá. E eles têm apenas cinco milhões de habitantes. Na academia brasileira, as recompensas dependem do que eu chamo de “índice gravitacional de publicação”: quanto mais pesado o currículo, melhor. Ou seja, o cientista precisa colecionar o maior número de publicações – sem importar tanto seu conteúdo. Não pode ser assim. O mérito tem de ser julgado pelo impacto nacional ou internacional de uma pesquisa. Não podemos dizer: quem publica mais, leva o bolo. Porque aí o sujeito começa a publicar em qualquer revista. Não é difícil. A publicação científica é um negócio como qualquer outro. Mesmo se você considerar as revistas de maior impacto. Também não adianta criar e usar um índice numérico de citações (que mede o número de citações dos artigos de um determinado cientista).

    Se Einstein não poderia estar no topo, há algo errado. Minha esperança é que o futuro ministro ataque isso de frente pois, até agora, ninguém teve coragem de bater de frente com o establishment da ciência brasileira. Ninguém teve coragem de chegar lá e dizer: “Chega! Não é assim! A ciência não está devolvendo ao povo brasileiro o investimento do povo na ciência.” Os cientistas brilhantes jovens não têm acesso às benesses que os grandes cardeais – pesquisadores A1 do CNPq – têm, muitos deles sem ter feito muita coisa que valha.

    Para entender a que me refiro, basta participar de reuniões científicas e acompanhar a composição de uma mesa. Não há nada semelhante em lugar nenhum do mundo: perder três minutos anunciando autoridades e nomeando quem está na mesa. É coisa de cartório português da Idade Média. Cientista é um cidadão comum. Ele não tem de fazer toda essa firula para apresentar o que está fazendo. É um desperdício de energia, uma pompa completamente desnecessária. Muitas vezes, os pesquisadores jovens não podem abrir a boca diante dos cientistas mais velhos. Eu ouço isso em todo o Brasil.

    Eu adoro a USP, onde me formei. Mas a liderança que temos hoje na USP é terrível. O reitor da USP (João Grandino Rodas) é uma pessoa de pouca visão. Não chega nem perto da tradição das pessoas que passaram por aquele lugar. São Paulo acabou de perder um investimento de 150 milhões de francos suíços (cerca de R$ 270 milhões) porque o reitor da USP não tinha tempo para receber a delegação de mais alto nível já enviada pelo governo suíço ao Brasil. Mandaram o pró-reitor de pesquisa da universidade (Marco Antônio Zago) fazer uma apresentação para eles. Ninguém agradeceu a visita.

    Miguel Nicolelis falando muitas verdades. Mais claro e direto, impossível. Só selecionei umas citações… leiam a íntegra no link acima.

     
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