Norway by Ole Christian Salomonsen [via boingboing]

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Num sábado de manhã de algumas semanas atrás eu caí de paraquedas (online) no Hack4Knowledge, um encontro para criar aplicativos, ferramentas e remisturas que aproveitem os bancos de dados existentes para inovar e enriquecer a criação e disseminação do conhecimento.

Eu já estava fazendo uns testes com o API do Mendeley e resolvi aproveitar a oportunidade para por em prática uma idéia: agregar referências bibliográficas relacionadas com um determinado táxon. Não é uma idéia particularmente inédita nem difere muito de você colocar o nome de um táxon no google ou scopus, mas o fato do banco de dados do Mendeley ser construído por coleções dos usuários permite extrair algumas informações interessantes. Por exemplo, descobrir quais são os artigos mais populares ou criar um trending topics com os grupos do momento baseado na quantidade de leitores e número de publicações.

Página inicial do Living Bibliography

Possuir os dados de artigos (independente da fonte) também possibilita extrair informações interessantes como autores mais ativos em determinado táxon, rede de colaboradores, variação anual no número de artigos relacionados, tópicos mais estudados em cada grupo, etc. Integrando tudo isso e usando ferramentas para visualização de dados complexos seria possível, por exemplo, “ver” buracos no conhecimento ou acompanhar a história do estudo de um organismo.

Imagine se todos os artigos estivessem acessíveis livremente e contivessem informações (metadados) sobre os organismos em questão como informações taxonômicas, ocorrência, coletas, sequências, citações com marcação semântica, tópicos abordados, hipóteses para testar, metodologias, dados brutos, etc. Em instantes qualquer pessoa poderia ter um resumo do conhecimento atual sobre um organismo. Especialmente interessante para definir diretrizes para a pesquisa e evitar gastos de recursos com os mesmos erros; uma otimização da ciência. Isso sem contar na possibilidade de anexar observações, anotações, discussões, questões não resolvidas e outras atividades colaborativas.

Bom, depois de fazer um modelinho da idéia acabei de colocar as funções básicas do agregador para funcionar. Não tem nada do que escrevi acima, apenas uma interface de busca onde você pode usar o nome científico ou nome popular do organismo (em inglês) que você quer ver e uma página por táxon com a lista de referências relacionadas e alguns controles de ordenação. Se o táxon não estiver no banco ele vai buscar as referências na hora, portanto, é necessário esperar um pouco e recarregar a página (pelo menos até eu dar um jeitinho nisso).

Página de um táxon no Living Bibliography

Quem se interessar pode testar o Living Bibliography no livingbib.organelas.com. Só lembrando que é totalmente experimental, nada garantido que seus artigos favoritos aparecerão ou que as informações estejam corretas (ainda tem muito artigo duplicado, nome de autor errado, títulos mal formatados, revistas trocadas, e afins no Mendeley). Não sei o quanto vou poder me dedicar, mas o código é aberto e adoraria ouvir idéias e sugestões

De um lado tinha a música. Do outro a biologia.

Em 2006 descobri um universo de músicas distribuídas livremente na rede e comecei explorá-lo. O primeiro contato foi pelo Jamendo e depois fui conhecendo os lançamentos das chamadas netlabels. Empolgado com tudo isso, pois achei muita coisa boa, resolvi criar um blog pra compartilhar esses achados, o ccnelas.org. Fui acumulando álbuns interessantes e um dia desses resolvi fazer uma coletânea com algumas músicas que havia divulgado no ccnelas. Pensei um pouco a respeito.

Enquanto isso estava enfurnado em um laboratório no litoral norte de São Paulo fazendo meu mestrado com biologia marinha. Boa parte do meu projeto envolvia criar embriões e larvas de uma espécie de bolacha-do-mar. Nesta época fiquei todo o verão convivendo com estes embriões e larvas.

Alimentando e trocando a água todo dia, olhando no microscópio, tirando fotos, fazendo filmes. Talvez seja por isso que os cientistas sejam meio malucos; muitos vêem coisas que pouca gente no mundo imagina que exista, ou verá algum dia. Conhecer e conviver com estes bichinhos foi certamente intrigante.

Imagine: você é concebido na água do mar, e antes de ter uma dúzia de células, já está sozinho, pois o movimento constante da água se encarrega de diluir sua imensa (milhões) quantidade de irmãos; quando começa a nadar você não tem boca ou ânus, nem sequer nasceu da membrana que protege o óvulo; você usa pequenos cílios para nadar na água, que mais parece melaço, por causa de seu tamanho diminuto; você continua nadando, mas só vai para onde as correntes marítimas te levam, sua força é muito pequena; você continua a se desenvolver e finalmente tem pequenos braços e uma boca; com os braços você captura e se alimenta de microalgas enquanto continua nadando; na medida em que se alimenta começa a se formar, dentro de você, uma pequena estrutura; o que está crescendo é uma bolacha-do-mar; aos poucos a pequena bolacha vai ocupando parte do corpo da larva; em determinado momento a larva começa a nadar perto do fundo, abrindo os braços e expondo a bolacha; a larva e a bolacha, que são uma coisa só, experimentam o fundo, quando gostam um pé da bolacha se estende e gruda firmemente no fundo; a partir deste momento a bolacha nunca mais ira nadar e a larva começa a deixar de existir; em pouco tempo toda larva, suas estruturas, tecidos, são reabsorvidos pela bolacha, que já está dando seus primeiros passos entre os grãos de areia.

Enquanto estudava esta efêmera e diferente história de vida das larvas plúteos, tive uma idéia. Resolvi escolher músicas publicadas no ccnelas que representassem a estranha vida de uma larva plúteos e montar uma coletânea. Foi assim the nasceu “A Viagem do Plúteos” (original em inglês “The Pluteus Trip” lançado em 2007 [usei a estranhez que a vida dos plúteos havia me causado como parâmetro para selecionar músicas disponibilizadas na rede].

Engraçado, enquanto compilava as músicas estava organizando a vinda da exposição “Oceano: vida escondida” para São Paulo, e precisávamos de um texto de divulgação. O release que havia escrito para “A Viagem do Plúteos” caiu como uma luva e serviu de base para o texto “Vida Escondida” publicado na magazine “O Telescópio” da Estação Ciência [usei o release de uma coletânea de músicas para escrever um texto de divulgação].

Certo dia as fotos da exposição foram citadas numa revista digital de música livre. Pouco tempo depois fui contatado para que uma das fotos do Alvaro fosse usada na capa de um mix de músicas ambientes chamado “Underwater is a place to be alone” [usaram uma foto da exposição para ilustrar um álbum de música].

Este álbum era perfeito para servir de música ambiente para a exposição, mas por impasses técnicos não conseguimos colocá-la [usaríamos um álbum , cuja capa era uma foto da exposição como música ambiente da mesma].

Fiz um vídeo com o material do meu mestrado. Nas versões anteriores tinha colocado uma música minha inacabada. No entanto, não havia gostado muito, tanto do efeito da música no vídeo quanto da qualidade do som. Adoraria ter aceitado o desafio de compor uma trilha para o vídeo, mas simplesmente não havia tempo. Precisava então de uma música que tivesse o clima certo. Não pensei muito para recorrer ao “The Pluteus Trip” e não levou mais do que alguns minutos para definir a música tema do vídeo, que é a música de abertura da coletânea, Autonarkose do My First Trumpet no álbum Frerk.

Resolvi experimentar o yEd para mostrar as relações acima num fluxograma. Ficou interessante, especialmente os layouts automáticos (o primeiro posicionei na mão…).

Tópico rápido para anunciar as últimas novidades:

A exposição “Oceano: vida escondida” está no Museu da Vida, Rio de Janeiro do dia 12 de Agosto de 2008 até dia 27 de Setembro de 2008! Se você é carioca, ou visitando a cidade maravilhosa vá conhecer cara a cara os seres que dominam boa parte do planeta…

Para mais informações leia o tópico do blog oficial da exposição. Ainda não viu as fotografias??? Visite o site da exposição no http://www.usp.br/cbm/oceano. Quer receber as novidades por email? Clique aqui (ou pelo feed).

A outra novidade é que acaba de ser lançado o Lablogatórios, primeiro portal agregador de blogs de ciência brasileiro! Leia mais aqui ou entre direto no site http://www.lablogatorios.com.br.

Está aí uma ótima oportunidade para discutir a ampliar os horizontes da educação em ciência! Que tal os blogueiros científicos aderirem em massa? Até 2009 tem bastante tempo para desenvolver e testar idéias para apresentar no congresso…!

Segue abaixo os temas a serem abordados no congresso:

• Active modern methods and innovations in science education (physics, chemistry, biology, etc.)
• Modern curriculum design
• Evaluation and assessment
• Science experiment and laboratory in teaching and learning
• Educational technology, software and Internet in science education
• Modern textbooks
• Research in science and mathematic education
• Science Olympiads
• Methodology of mathematics education
• Methodology of different natural sciences (geology, astronomy, biotechnology, biomedical sciences etc.)
• and other themes

Info:
International Congress of Science Education
http://www.colciencias.gov.co/rec/cong
15 a 18 de Julho de 2009
Cartagena, Colômbia

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Acaba de ser anunciada a segunda conferência dos usuários e desenvolvedores do ImageJ! Será em Luxemburgo nos dias 6 e 7 de Novembro de 2008. O link para o site da conferência segue abaixo:

http://imagejconf.tudor.lu/

Acabei de descobrir esse site!

http://www.facultyof1000.com

Nele aproximadamente 5000 cientistas “top do mundo” recomendam artigos científicos importantes, interessantes, controversos, etc… Em menos de 5 minutos mexendo eu encontri coisas bem legais! Ele tem uma seção de Biologia e outra de Medicina, obviamente olhei os artigos de biologia, especialmente de biologia do desenvolvimento.

Ainda tem coisitas legais como listar os “top 10″, os mais acessados, e as “pérolas escondidas”… Mais uma prova que a internet pode ajudar a ciência muito além do nosso velho conhecido email. Seria legal se usuários comuns pudessem deixar sua opinião sobre os artigos…

Putz, acabei de ver que para acessar talvez precise de assinatura da universidade… Quando voltar pra casa faço o teste.

[edit] Continuo sem saber, consegui acessar de fora da rede da USP (colocando o login e tal…), mas ainda estou em dúvida. Tinha algo de 7 dias grátis… e ainda fazem 6 dias que me cadastrei… [/edit]

[edit] É, não é livre… [/edit]

A Nature Publishing Group acaba de lançar um serviço bastante promissor chamado Nature Precedings. Nele você pode publicar artigos, carregar apresentações, posters apresentados em congressos antes de submeter o trabalho efetivamente para uma revista especializada. É o espaço que faltava para expor idéias mais ousadas que não tem espaço no formato das revistas convencionais.

Ao enviar seu trabalho ele é checado para verificar sua seriedade, mas não é revisado (peer-review). A idéia é que as revisões e discussões aconteçam no próprio site. E não precisa se preocupar em ter a sua idéia genial roubada por alguém, pois os artigos recebem uma identificação digital (DOI) que permite que sua citação. O único cuidado a ser tomado é verificar se a revista que você pretende publicar o seu trabalho vai aceitá-lo se você colocar no Nature Precedings. Como muitas revistas exigem conteúdo original nunca antes disponível, as revistas podem encasquetar se você já tiver colocado suas idéias ou mesmo o artigo pré-revisão online.

A Nature anda investindo pesado nas mídias digitais para dinamizar a ciência. Além de contar com um site repleto de feeds, blogs e ainda ter seu podcast, ela lançou recentemente o Connotea (um gerenciador de referências online), o Nature Network (o myspace/orkut para cientistas) e o Scintilla (um agregador para filtrar e personalizar conteúdo para cientistas). Muitas ferramentas novas para experimentar! Agora, até a comunidade científica aderir a estas novas tendências digitais ainda vai demorar…

Só pra não deixar em branco gostaria de falar da revista PLoS One, que foi especialmente desenhada para otimizar a discussão dos artigos lá publicados. É possível fazer comentários, anotações específicas, ou começar uma discussão sobre o artigo. Tudo isso para dinamizar a ciência! Eu acho um modelo muito bom, as pessoas só precisam se acostumar a fazer isso… Ah, e como o acesso aos artigos é aberto qualquer pessoa pode fazer comentários, não precisa ser doutor ou sabichão em algum assunto. Já comentei sobre a PLoS nos desertores para quem se interessar mais.

Estou testando esses serviços novos e algum eu volto a falar sobre eles!