Braquiópodes e arte japonesa

Morse 1902 - Observations on living Brachiopoda

I visited Japan solely for the purpose of studying the Brachiopoda of the Japanese seas, and this step led to my accepting the chair of zoology in the Imperial University at Tokyo. Gradually I was drawn away from my zoological work, into archaeological investigations, by the alluring problem of the ethnic affinities of the Japanese race. The fascinating character of Japanese art led to a study, first of the prehistoric and early pottery of the Japanese, and then to the collection and study of the fictile art of Japan. Inexorable fate finally entangled me for twenty years in a minute study of Japanese pottery. The results of this work are embodied in the Catalogue of Japanese Pottery, lately published by the Museum of Fine Arts, Boston. With this work off my hands, I turned back with eagerness to my early studies of the Brachiopoda (…)

(…) Japan is the home of the brachiopods.

Edward S. Morse, 1902. Observations on living Brachiopoda in Memoirs of the Boston Society of Natural History, 5(8): 313-386.

Citações da pg 313, 374 e prancha 41.

Buscar artigos da PLOS pelo DuckDuckGo

Ano passado resolvi experimentar a DuckDuckHack, plataforma de desenvolvimento para o buscador DuckDuckGo. A idéia era usar as respostas instantâneas, característica do pato, para encontrar artigos científicos; ou seja, um Google Scholar alternativo.

Apesar de parecer possível, resolvi tentar algo mais simples. Um plugin que usa o API da PLOS para buscar artigos e mostrá-los na caixa de resposta instantânea.

Screenshot from 2013-10-19 11:25:05

Pra buscar basta colocar a palavra “plos” + termo de busca (exemplo acima). O resultado é uma lista com o título e data dos 5 artigos mais relevantes e link direto para o texto. O mouse over mostra os autores e qual revista da PLOS. Este formato foi simplificado ao longo do pull request inicial e finalizado no segundo.

O código no final é bem simples, uma função em Perl que conecta o API ao Duck e uma função em javascript que lida com a resposta da busca. E a comunidade do pato é bem amigável pra ajudar com qualquer dificuldade no código.

O fato de ser um plugin de um buscador menos usado que o Google restringe um pouco o número de usuários. Talvez eu seja o único e posso contar nos dedos quantas vezes eu usei. Muito mais útil seria se ele buscasse toda literatura científica! Mas enfim,  gosto dele. Acho que é a emoção de conectar serviços usando APIs.

Bibliografia viva

Num sábado de manhã de algumas semanas atrás eu caí de paraquedas (online) no Hack4Knowledge, um encontro para criar aplicativos, ferramentas e remisturas que aproveitem os bancos de dados existentes para inovar e enriquecer a criação e disseminação do conhecimento.

Eu já estava fazendo uns testes com o API do Mendeley e resolvi aproveitar a oportunidade para por em prática uma idéia: agregar referências bibliográficas relacionadas com um determinado táxon. Não é uma idéia particularmente inédita nem difere muito de você colocar o nome de um táxon no google ou scopus, mas o fato do banco de dados do Mendeley ser construído por coleções dos usuários permite extrair algumas informações interessantes. Por exemplo, descobrir quais são os artigos mais populares ou criar um trending topics com os grupos do momento baseado na quantidade de leitores e número de publicações.

Living Bibliography Home Page
Página inicial do Living Bibliography

Possuir os dados de artigos (independente da fonte) também possibilita extrair informações interessantes como autores mais ativos em determinado táxon, rede de colaboradores, variação anual no número de artigos relacionados, tópicos mais estudados em cada grupo, etc. Integrando tudo isso e usando ferramentas para visualização de dados complexos seria possível, por exemplo, “ver” buracos no conhecimento ou acompanhar a história do estudo de um organismo.

Imagine se todos os artigos estivessem acessíveis livremente e contivessem informações (metadados) sobre os organismos em questão como informações taxonômicas, ocorrência, coletas, sequências, citações com marcação semântica, tópicos abordados, hipóteses para testar, metodologias, dados brutos, etc. Em instantes qualquer pessoa poderia ter um resumo do conhecimento atual sobre um organismo. Especialmente interessante para definir diretrizes para a pesquisa e evitar gastos de recursos com os mesmos erros; uma otimização da ciência. Isso sem contar na possibilidade de anexar observações, anotações, discussões, questões não resolvidas e outras atividades colaborativas.

Bom, depois de fazer um modelinho da idéia acabei de colocar as funções básicas do agregador para funcionar. Não tem nada do que escrevi acima, apenas uma interface de busca onde você pode usar o nome científico ou nome popular do organismo (em inglês) que você quer ver e uma página por táxon com a lista de referências relacionadas e alguns controles de ordenação. Se o táxon não estiver no banco ele vai buscar as referências na hora, portanto, é necessário esperar um pouco e recarregar a página (pelo menos até eu dar um jeitinho nisso).

Living Bibliography Taxon Page
Página de um táxon no Living Bibliography

Quem se interessar pode testar o Living Bibliography no livingbib.organelas.com. Só lembrando que é totalmente experimental, nada garantido que seus artigos favoritos aparecerão ou que as informações estejam corretas (ainda tem muito artigo duplicado, nome de autor errado, títulos mal formatados, revistas trocadas, e afins no Mendeley). Não sei o quanto vou poder me dedicar, mas o código é aberto e adoraria ouvir idéias e sugestões 🙂

A galaxy for insight

By empowering readers and observers with transparent access to the means by which conclusions are reached, rather than assembling them in an audience to hear the Authorities deliver the catechism from on high, we are all of us becoming scientists in this way, entering into a democracy of the intellect that is already bearing spectacular fruit, not just at Wikipedia but through any number of collaborative projects, from the Gutenberg Project to Tor to Linux.

Está bom, filho. Vai pesquisar besouro.

O que você acha da política científica brasileira?

Está ultrapassada. Principalmente, a gestão científica. Foi por isso que eu escrevi o Manifesto da Ciência Tropical (PS do Viomundo: publicado primeiro aqui mesmo, neste espaço). O mais importante nós temos: o talento humano. Mas ele é rapidamente sufocado por normas absurdas dentro das universidades. Não podemos mais fazer pesquisa de forma amadora. Devemos ter uma carreira para pesquisadores em tempo integral e oferecer um suporte administrativo profissional aos cientistas.

Visitei um dos melhores institutos de física do País, na Universidade Federal de Pernambuco (UFPE), e o pessoal não tem suporte nenhum. Se um americano do Instituto de Física da Universidade Duke visitar os pesquisadores brasileiros, não vai acreditar. Eles tomam conta do auditório, fazem os cheques e compram as coisas, porque não é permitido ter gestores científicos com formação específica para este trabalho. Nós preferimos tirar cientistas que despontaram da academia. Aqui no Brasil há a cultura de que, subindo na carreira científica, o último passo de glória é virar um administrador do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), do Ministério da Ciência e Tecnologia (MCT) ou da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp). É uma tragédia. Esses caras não tem formação para administrar nada. Nem a casa deles. Não temos quadros de gestores. A gente gasta muito dinheiro e presta muita atenção em besteira e não investe naquilo que é fundamental.

Se chega um jovem muito talentoso que quer investigar besouro, devemos responder: “Está bom, filho. Vai pesquisar besouro.” Eu não investiria em tópicos, em áreas específicas. Eu investiria primordialmente em gente. Porque se você investir em pessoas talentosas, elas encontrarão nichos em que o Brasil terá benefícios tremendos.

Nós publicamos mais do que a Suíça. Mas o impacto da ciência suíça é muito maior. Basta ver o número de prêmios Nobel lá. E eles têm apenas cinco milhões de habitantes. Na academia brasileira, as recompensas dependem do que eu chamo de “índice gravitacional de publicação”: quanto mais pesado o currículo, melhor. Ou seja, o cientista precisa colecionar o maior número de publicações – sem importar tanto seu conteúdo. Não pode ser assim. O mérito tem de ser julgado pelo impacto nacional ou internacional de uma pesquisa. Não podemos dizer: quem publica mais, leva o bolo. Porque aí o sujeito começa a publicar em qualquer revista. Não é difícil. A publicação científica é um negócio como qualquer outro. Mesmo se você considerar as revistas de maior impacto. Também não adianta criar e usar um índice numérico de citações (que mede o número de citações dos artigos de um determinado cientista).

Se Einstein não poderia estar no topo, há algo errado. Minha esperança é que o futuro ministro ataque isso de frente pois, até agora, ninguém teve coragem de bater de frente com o establishment da ciência brasileira. Ninguém teve coragem de chegar lá e dizer: “Chega! Não é assim! A ciência não está devolvendo ao povo brasileiro o investimento do povo na ciência.” Os cientistas brilhantes jovens não têm acesso às benesses que os grandes cardeais – pesquisadores A1 do CNPq – têm, muitos deles sem ter feito muita coisa que valha.

Para entender a que me refiro, basta participar de reuniões científicas e acompanhar a composição de uma mesa. Não há nada semelhante em lugar nenhum do mundo: perder três minutos anunciando autoridades e nomeando quem está na mesa. É coisa de cartório português da Idade Média. Cientista é um cidadão comum. Ele não tem de fazer toda essa firula para apresentar o que está fazendo. É um desperdício de energia, uma pompa completamente desnecessária. Muitas vezes, os pesquisadores jovens não podem abrir a boca diante dos cientistas mais velhos. Eu ouço isso em todo o Brasil.

Eu adoro a USP, onde me formei. Mas a liderança que temos hoje na USP é terrível. O reitor da USP (João Grandino Rodas) é uma pessoa de pouca visão. Não chega nem perto da tradição das pessoas que passaram por aquele lugar. São Paulo acabou de perder um investimento de 150 milhões de francos suíços (cerca de R$ 270 milhões) porque o reitor da USP não tinha tempo para receber a delegação de mais alto nível já enviada pelo governo suíço ao Brasil. Mandaram o pró-reitor de pesquisa da universidade (Marco Antônio Zago) fazer uma apresentação para eles. Ninguém agradeceu a visita.

Miguel Nicolelis falando muitas verdades. Mais claro e direto, impossível. Só selecionei umas citações… leiam a íntegra no link acima.

Como são as coisas

De um lado tinha a música. Do outro a biologia.

Em 2006 descobri um universo de músicas distribuídas livremente na rede e comecei explorá-lo. O primeiro contato foi pelo Jamendo e depois fui conhecendo os lançamentos das chamadas netlabels. Empolgado com tudo isso, pois achei muita coisa boa, resolvi criar um blog pra compartilhar esses achados, o ccnelas.org. Fui acumulando álbuns interessantes e um dia desses resolvi fazer uma coletânea com algumas músicas que havia divulgado no ccnelas. Pensei um pouco a respeito.

Enquanto isso estava enfurnado em um laboratório no litoral norte de São Paulo fazendo meu mestrado com biologia marinha. Boa parte do meu projeto envolvia criar embriões e larvas de uma espécie de bolacha-do-mar. Nesta época fiquei todo o verão convivendo com estes embriões e larvas.

Alimentando e trocando a água todo dia, olhando no microscópio, tirando fotos, fazendo filmes. Talvez seja por isso que os cientistas sejam meio malucos; muitos vêem coisas que pouca gente no mundo imagina que exista, ou verá algum dia. Conhecer e conviver com estes bichinhos foi certamente intrigante.

Imagine: você é concebido na água do mar, e antes de ter uma dúzia de células, já está sozinho, pois o movimento constante da água se encarrega de diluir sua imensa (milhões) quantidade de irmãos; quando começa a nadar você não tem boca ou ânus, nem sequer nasceu da membrana que protege o óvulo; você usa pequenos cílios para nadar na água, que mais parece melaço, por causa de seu tamanho diminuto; você continua nadando, mas só vai para onde as correntes marítimas te levam, sua força é muito pequena; você continua a se desenvolver e finalmente tem pequenos braços e uma boca; com os braços você captura e se alimenta de microalgas enquanto continua nadando; na medida em que se alimenta começa a se formar, dentro de você, uma pequena estrutura; o que está crescendo é uma bolacha-do-mar; aos poucos a pequena bolacha vai ocupando parte do corpo da larva; em determinado momento a larva começa a nadar perto do fundo, abrindo os braços e expondo a bolacha; a larva e a bolacha, que são uma coisa só, experimentam o fundo, quando gostam um pé da bolacha se estende e gruda firmemente no fundo; a partir deste momento a bolacha nunca mais ira nadar e a larva começa a deixar de existir; em pouco tempo toda larva, suas estruturas, tecidos, são reabsorvidos pela bolacha, que já está dando seus primeiros passos entre os grãos de areia.

Enquanto estudava esta efêmera e diferente história de vida das larvas plúteos, tive uma idéia. Resolvi escolher músicas publicadas no ccnelas que representassem a estranha vida de uma larva plúteos e montar uma coletânea. Foi assim the nasceu “A Viagem do Plúteos” (original em inglês “The Pluteus Trip” lançado em 2007 [usei a estranhez que a vida dos plúteos havia me causado como parâmetro para selecionar músicas disponibilizadas na rede].

Engraçado, enquanto compilava as músicas estava organizando a vinda da exposição “Oceano: vida escondida” para São Paulo, e precisávamos de um texto de divulgação. O release que havia escrito para “A Viagem do Plúteos” caiu como uma luva e serviu de base para o texto “Vida Escondida” publicado na magazine “O Telescópio” da Estação Ciência [usei o release de uma coletânea de músicas para escrever um texto de divulgação].

Certo dia as fotos da exposição foram citadas numa revista digital de música livre. Pouco tempo depois fui contatado para que uma das fotos do Alvaro fosse usada na capa de um mix de músicas ambientes chamado “Underwater is a place to be alone” [usaram uma foto da exposição para ilustrar um álbum de música].

Este álbum era perfeito para servir de música ambiente para a exposição, mas por impasses técnicos não conseguimos colocá-la [usaríamos um álbum , cuja capa era uma foto da exposição como música ambiente da mesma].

Fiz um vídeo com o material do meu mestrado. Nas versões anteriores tinha colocado uma música minha inacabada. No entanto, não havia gostado muito, tanto do efeito da música no vídeo quanto da qualidade do som. Adoraria ter aceitado o desafio de compor uma trilha para o vídeo, mas simplesmente não havia tempo. Precisava então de uma música que tivesse o clima certo. Não pensei muito para recorrer ao “The Pluteus Trip” e não levou mais do que alguns minutos para definir a música tema do vídeo, que é a música de abertura da coletânea, Autonarkose do My First Trumpet no álbum Frerk.

Resolvi experimentar o yEd para mostrar as relações acima num fluxograma. Ficou interessante, especialmente os layouts automáticos (o primeiro posicionei na mão…).