Exatos seis meses atrás saiu uma matéria na Ciência Hoje das Crianças online sobre as bolachas-do-mar que ainda não tinha colocado aqui. Clique na imagem ou aqui para ler.

Pouco menos de seis meses antes disso saiu um post no Scientist at Work Blog do Rich Mooi, especialista em ouriços irregulares. O post, “The Hidden World of Heart Urchins” tem uma foto de uma bolacha-do-mar “fofinha” que precisava compartilhar

Clypeaster humilis by Rich Mooi

Tenho usado o Zim Desktop Wiki como caderno de anotações faz algum tempo. Ele salva as notas como arquivo texto com marcação wiki permitindo que eu acesse o conteúdo diretamente com outros editores e facilitando o backup (eg, pasta de notas sincronizada no Dropbox).

Comecei a mexer com genes no doutorado e estava guardando as sequências em arquivos texto soltos por aí. Pra manter as coisas organizadas (já que a quantidade de genes começou a aumentar) resolvi tentar guardar cada sequência em uma nota separada no Zim. Assim posso organizar os genes de maneira mais intuitiva, fica mais fácil encontrar o que estou procurando e ainda posso acessar as sequências programaticamente com scripts.

Cada gene pode ter marcadores indicando que aquela página é uma sequência, o organismo, o tipo de gene (relacionado com que processos do desenvolvimento) e o nome mais comum para agrupar genes ortólogos. Com os marcadores fica fácil filtrar as notas. Na imagem abaixo eu cliquei no gene vasa e de cara dá pra ver que tenho as sequências do peixe paulistinha (D. rerio), humanos (H. sapiens) e drosófila (D. melanogaster).

Example of gene sequence in Zim

O link para a sequência no NCBI também é útil, caso precise voltar lá para checar alguma informação. Por fim tenho a sequência no formato FASTA, que é o que vou usar na maioria dos casos. Criar uma página assim consome alguns comandos, copy/paste e cliques, então fiz um script simples para automatizar isso.

No Zim você pode rodar scripts customizados que interagem com as páginas do caderno de notas. Criei o Gene Fetcher para gerar a página a partir do identificador da sequência. Basta você colar o identificador numa nova página, selecioná-lo com o cursor e rodar; as informações serão adicionadas ao final da página.

Nada muito revolucionário, mas útil; pelo menos pra mim, por enquanto. Também pode ser usado fora do Zim, é só passar os argumentos certos.

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Nunca imaginei que colocaria um vertebrado neste site… mas o fato delas terem seus ombros dentro da caixa torácica me fez abrir uma exceção, coitadas. Escrevi um texto sobre o desenvolvimento e evolução do casco das tartarugas no The Node. Ele mostra como é o início da formação do casco nos embriões e como isso pode ajudar a entender a evolução desse padrão corpóreo tão diferente. Animações em 3D e fósseis estão inclusos no pacote:

Turtles in a nutshell

[foto por Algy3289]

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Num sábado de manhã de algumas semanas atrás eu caí de paraquedas (online) no Hack4Knowledge, um encontro para criar aplicativos, ferramentas e remisturas que aproveitem os bancos de dados existentes para inovar e enriquecer a criação e disseminação do conhecimento.

Eu já estava fazendo uns testes com o API do Mendeley e resolvi aproveitar a oportunidade para por em prática uma idéia: agregar referências bibliográficas relacionadas com um determinado táxon. Não é uma idéia particularmente inédita nem difere muito de você colocar o nome de um táxon no google ou scopus, mas o fato do banco de dados do Mendeley ser construído por coleções dos usuários permite extrair algumas informações interessantes. Por exemplo, descobrir quais são os artigos mais populares ou criar um trending topics com os grupos do momento baseado na quantidade de leitores e número de publicações.

Página inicial do Living Bibliography

Possuir os dados de artigos (independente da fonte) também possibilita extrair informações interessantes como autores mais ativos em determinado táxon, rede de colaboradores, variação anual no número de artigos relacionados, tópicos mais estudados em cada grupo, etc. Integrando tudo isso e usando ferramentas para visualização de dados complexos seria possível, por exemplo, “ver” buracos no conhecimento ou acompanhar a história do estudo de um organismo.

Imagine se todos os artigos estivessem acessíveis livremente e contivessem informações (metadados) sobre os organismos em questão como informações taxonômicas, ocorrência, coletas, sequências, citações com marcação semântica, tópicos abordados, hipóteses para testar, metodologias, dados brutos, etc. Em instantes qualquer pessoa poderia ter um resumo do conhecimento atual sobre um organismo. Especialmente interessante para definir diretrizes para a pesquisa e evitar gastos de recursos com os mesmos erros; uma otimização da ciência. Isso sem contar na possibilidade de anexar observações, anotações, discussões, questões não resolvidas e outras atividades colaborativas.

Bom, depois de fazer um modelinho da idéia acabei de colocar as funções básicas do agregador para funcionar. Não tem nada do que escrevi acima, apenas uma interface de busca onde você pode usar o nome científico ou nome popular do organismo (em inglês) que você quer ver e uma página por táxon com a lista de referências relacionadas e alguns controles de ordenação. Se o táxon não estiver no banco ele vai buscar as referências na hora, portanto, é necessário esperar um pouco e recarregar a página (pelo menos até eu dar um jeitinho nisso).

Página de um táxon no Living Bibliography

Quem se interessar pode testar o Living Bibliography no livingbib.organelas.com. Só lembrando que é totalmente experimental, nada garantido que seus artigos favoritos aparecerão ou que as informações estejam corretas (ainda tem muito artigo duplicado, nome de autor errado, títulos mal formatados, revistas trocadas, e afins no Mendeley). Não sei o quanto vou poder me dedicar, mas o código é aberto e adoraria ouvir idéias e sugestões

Vídeos bem bacanas mostrando seres planctônicos, embriões e larvas marinhas na série Plankton Chronicles (crônicas do plâncton) feita pelo pessoal da Tara Expéditions:

Plankton

http://oceans.taraexpeditions.org/uploads/gallery/895/chroniquesplanctons.mov

Embryos and larvae

http://oceans.taraexpeditions.org/uploads/gallery/1212/03_embrions_larves_en-site.mov

Sea urchin development

http://oceans.taraexpeditions.org/uploads/gallery/1303/04-sea_urchin_plankton.mov

Outros vídeos.

I also here salute the echinoderms as a noble group especially designed to puzzle the zoologist.

Livro: The Invertebrates: Echinodermata (1955)

Autora: Libbie Henrietta Hyman

Página: Prefácio

De um lado tinha a música. Do outro a biologia.

Em 2006 descobri um universo de músicas distribuídas livremente na rede e comecei explorá-lo. O primeiro contato foi pelo Jamendo e depois fui conhecendo os lançamentos das chamadas netlabels. Empolgado com tudo isso, pois achei muita coisa boa, resolvi criar um blog pra compartilhar esses achados, o ccnelas.org. Fui acumulando álbuns interessantes e um dia desses resolvi fazer uma coletânea com algumas músicas que havia divulgado no ccnelas. Pensei um pouco a respeito.

Enquanto isso estava enfurnado em um laboratório no litoral norte de São Paulo fazendo meu mestrado com biologia marinha. Boa parte do meu projeto envolvia criar embriões e larvas de uma espécie de bolacha-do-mar. Nesta época fiquei todo o verão convivendo com estes embriões e larvas.

Alimentando e trocando a água todo dia, olhando no microscópio, tirando fotos, fazendo filmes. Talvez seja por isso que os cientistas sejam meio malucos; muitos vêem coisas que pouca gente no mundo imagina que exista, ou verá algum dia. Conhecer e conviver com estes bichinhos foi certamente intrigante.

Imagine: você é concebido na água do mar, e antes de ter uma dúzia de células, já está sozinho, pois o movimento constante da água se encarrega de diluir sua imensa (milhões) quantidade de irmãos; quando começa a nadar você não tem boca ou ânus, nem sequer nasceu da membrana que protege o óvulo; você usa pequenos cílios para nadar na água, que mais parece melaço, por causa de seu tamanho diminuto; você continua nadando, mas só vai para onde as correntes marítimas te levam, sua força é muito pequena; você continua a se desenvolver e finalmente tem pequenos braços e uma boca; com os braços você captura e se alimenta de microalgas enquanto continua nadando; na medida em que se alimenta começa a se formar, dentro de você, uma pequena estrutura; o que está crescendo é uma bolacha-do-mar; aos poucos a pequena bolacha vai ocupando parte do corpo da larva; em determinado momento a larva começa a nadar perto do fundo, abrindo os braços e expondo a bolacha; a larva e a bolacha, que são uma coisa só, experimentam o fundo, quando gostam um pé da bolacha se estende e gruda firmemente no fundo; a partir deste momento a bolacha nunca mais ira nadar e a larva começa a deixar de existir; em pouco tempo toda larva, suas estruturas, tecidos, são reabsorvidos pela bolacha, que já está dando seus primeiros passos entre os grãos de areia.

Enquanto estudava esta efêmera e diferente história de vida das larvas plúteos, tive uma idéia. Resolvi escolher músicas publicadas no ccnelas que representassem a estranha vida de uma larva plúteos e montar uma coletânea. Foi assim the nasceu “A Viagem do Plúteos” (original em inglês “The Pluteus Trip” lançado em 2007 [usei a estranhez que a vida dos plúteos havia me causado como parâmetro para selecionar músicas disponibilizadas na rede].

Engraçado, enquanto compilava as músicas estava organizando a vinda da exposição “Oceano: vida escondida” para São Paulo, e precisávamos de um texto de divulgação. O release que havia escrito para “A Viagem do Plúteos” caiu como uma luva e serviu de base para o texto “Vida Escondida” publicado na magazine “O Telescópio” da Estação Ciência [usei o release de uma coletânea de músicas para escrever um texto de divulgação].

Certo dia as fotos da exposição foram citadas numa revista digital de música livre. Pouco tempo depois fui contatado para que uma das fotos do Alvaro fosse usada na capa de um mix de músicas ambientes chamado “Underwater is a place to be alone” [usaram uma foto da exposição para ilustrar um álbum de música].

Este álbum era perfeito para servir de música ambiente para a exposição, mas por impasses técnicos não conseguimos colocá-la [usaríamos um álbum , cuja capa era uma foto da exposição como música ambiente da mesma].

Fiz um vídeo com o material do meu mestrado. Nas versões anteriores tinha colocado uma música minha inacabada. No entanto, não havia gostado muito, tanto do efeito da música no vídeo quanto da qualidade do som. Adoraria ter aceitado o desafio de compor uma trilha para o vídeo, mas simplesmente não havia tempo. Precisava então de uma música que tivesse o clima certo. Não pensei muito para recorrer ao “The Pluteus Trip” e não levou mais do que alguns minutos para definir a música tema do vídeo, que é a música de abertura da coletânea, Autonarkose do My First Trumpet no álbum Frerk.

Resolvi experimentar o yEd para mostrar as relações acima num fluxograma. Ficou interessante, especialmente os layouts automáticos (o primeiro posicionei na mão…).

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Meu vídeo sobre o ciclo de vida de uma bolacha-do-mar está online!

Vida de Bolacha from Bruno Vellutini on Vimeo.

Saiba mais em:
http://mestrado.organelas.com/videos/