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Reprodução de um nemertíneo

E pelo terceiro ano consecutivo os nemertíneos do laboratório começam a botar seus embriões no primeiro dia de abril! Regularidade que impressiona.

Lineus_sp
Este verme nemertíneo é vermelho escuro, boa parte do seu corpo está coberto pelo casulo (massa semitransparente) contendo embriões (fileiras de esferas amarelo-claro). A cabeça está no centro superior e é a parte sem casulo ou ovos.

Mas impressionante mesmo é a maneira que esse verme deposita sua massa de embriões. Num artigo sobre o ciclo de vida de uma espécie próxima (acesso restrito) os autores disponibilizaram um vídeo do processo de acasalamento e deposição do casulo (acesso aberto; mas cuidado, .wmv).

A fêmea secreta uma camada grossa de muco gelatinoso pelo corpo onde diversos machos se enrolam e aproveitam para liberar seus espermatozóides. Depois que os machos saem, a fêmea secreta outra camada de muco e começa a liberar os óvulos recém-fertilizados através de inúmeros ovários presentes nas laterais do corpo. Os embriões permanecem nessas camadas gelatinosas enquanto a fêmea se esguia para fora do casulo. Este fica, por sua vez, aderido ao substrato e serve como proteção para os embriões em desenvolvimento. Leva cerca de 20 dias para saírem pequenos verminhos do casulo. Viu o vídeo já?

Verme amendoim

Sipuncúlidos são vermes marinhos não-segmentados que tem a larva mais carismática dos oceanos, a pelagosfera:

Larva pelagosfera
Alvaro E. Migotto. Larva pelagosfera. Banco de imagens Cifonauta. Disponível em: http://cifonauta.cebimar.usp.br/photo/11960/ Acesso em: 2013-04-28.

As pelagosferas são bastante ativas e podem nadar por meses até assentar e se tornarem indivíduos adultos.

Os adultos são mais… vermiformes. Vivem no lodo, areia ou conchas, tem uma probóscide retrátil denominada de introverte (veja vídeo abaixo) com tentáculos em volta da boca e seu ânus fica no meio das “costas” (superfície dorsal).

Sipuncúlido adulto
Alvaro E. Migotto. Sipuncúlido. Banco de imagens Cifonauta. Disponível em: http://cifonauta.cebimar.usp.br/photo/11687/ Acesso em: 2013-04-28.

Sipuncúlido retraindo sua introverte.

Alguns são bonitos e até coloridos. E tem gente que come, claro! Descobri na Wikipedia que geléia de sipuncúlido é uma delicatessen de uma cidade na China. Nham!

Sipunculid worm jelly
A dish of Sipunculid worm jelly made with Sipunculus nudus 中文(繁體)‎: 土筍凍 Photo: SoHome Jacaranda Lilau

Enfim, queria mesmo era compartilhar o teste abaixo traduzido de um famoso livro texto de invertebrados. Com as figuras e links neste post fica fácil responder ;)

Sipuncula

Saiba mais sobre os sipuncúlidos no EoL.

Cifonauta, um banco de imagens para a biologia marinha

O Cifonauta foi inaugurado no dia 26 de setembro do ano passado (2011) e completa hoje 1 ano de vida pública. A ideia de um banco de imagens da vida marinha, no entanto, é mais antiga.

A documentação fotográfica faz parte de muitas abordagens de pesquisa e nos 30 anos de CEBIMar muito material foi coletado e estudado. Revistas especializadas e atividades de extensão do centro como cursos, folhetos e palestras são o destino comum deste conteúdo. No entanto, apenas uma pequena parte é publicada desta maneira, o restante acabava nunca vindo a público. São fotos e vídeos acumulados ao longo dos anos e que de certo modo representam a diversidade da vida marinha do litoral norte de São Paulo. Como aproveitar este potencial?

A ideia do Alvaro era criar um banco de imagens para divulgar os organismos documentados no CEBIMar. A primeira versão do site do CEBIMar, por exemplo, já continha uma galeria curada à mão contendo fotos de organismos marinhos separadas por classificação taxonômica.

A segunda versão do site também continha uma galeria ainda maior com cerca de 1000 fotos. Ainda assim, era pouco para o volume de material nos arquivos do CEBIMar. A oportunidade surgiu com um edital do CNPq e assim criamos o Cifonauta.

A ideia é simples. Um banco de imagens sobre biologia marinha abastecido pelos próprios pesquisadores do CEBIMar. Especialistas cujo conhecimento permite enriquecer as imagens com informações adicionais. No caso, nome da espécie, classificação taxonômica, habitat, estágio de vida, modo de vida, tamanho, geolocalização, técnica utilizada, etc. Estes dados permitem não só saber um pouco mais sobre o organismo, mas também filtrar o conteúdo do banco combinando marcadores.

Outro diferencial do Cifonauta é que não colocamos apenas a melhor foto de cada ser. Uma foto é um recorte espacial e temporal e um organismo é um ser complexo tridimensional. Por isso, colocamos diversas imagens representativas de um mesmo organismo como no Chromodoris paulomarcioi.

Um exemplo recente que mostra o banco na prática. Pesquisadores do CEBIMar estudando organismos da meiofauna (entre grãos de areia) produziram um filme fantástico Vida Entre Grãos. As fotos e vídeos que serviram de material bruto para produzir o filme foram adicionados ao Cifonauta: são 538 fotos e 167 vídeos documentando a biologia destes organismos; tardígrado, ácaro, nemertíneo, poliquetos, quinorrincos, gastrótrico, molusco, entre outros! Não é qualquer pessoa que já viu um gastrótrico andando por aí… mas agora qualquer pessoa pode. E é esse o ideal do Cifonauta.

O Vida Entre Grãos para quem não viu:

Mais um biscoito?

Exatos seis meses atrás saiu uma matéria na Ciência Hoje das Crianças online sobre as bolachas-do-mar que ainda não tinha colocado aqui. Clique na imagem ou aqui para ler.

Tem biscoito na areia? Com vocês, a bolacha-do-mar!

Pouco menos de seis meses antes disso saiu um post no Scientist at Work Blog do Rich Mooi, especialista em ouriços irregulares. O post, “The Hidden World of Heart Urchins” tem uma foto de uma bolacha-do-mar “fofinha” que precisava compartilhar :)

Clypeaster humilis by Rich Mooi
Clypeaster humilis by Rich Mooi

 

Gene Fetcher tool no Zim

Tenho usado o Zim Desktop Wiki como caderno de anotações faz algum tempo. Ele salva as notas como arquivo texto com marcação wiki permitindo que eu acesse o conteúdo diretamente com outros editores e facilitando o backup (eg, pasta de notas sincronizada no Dropbox).

Comecei a mexer com genes no doutorado e estava guardando as sequências em arquivos texto soltos por aí. Pra manter as coisas organizadas (já que a quantidade de genes começou a aumentar) resolvi tentar guardar cada sequência em uma nota separada no Zim. Assim posso organizar os genes de maneira mais intuitiva, fica mais fácil encontrar o que estou procurando e ainda posso acessar as sequências programaticamente com scripts.

Cada gene pode ter marcadores indicando que aquela página é uma sequência, o organismo, o tipo de gene (relacionado com que processos do desenvolvimento) e o nome mais comum para agrupar genes ortólogos. Com os marcadores fica fácil filtrar as notas. Na imagem abaixo eu cliquei no gene vasa e de cara dá pra ver que tenho as sequências do peixe paulistinha (D. rerio), humanos (H. sapiens) e drosófila (D. melanogaster).

Example of gene sequence in Zim
Example of gene sequence in Zim

O link para a sequência no NCBI também é útil, caso precise voltar lá para checar alguma informação. Por fim tenho a sequência no formato FASTA, que é o que vou usar na maioria dos casos. Criar uma página assim consome alguns comandos, copy/paste e cliques, então fiz um script simples para automatizar isso.

No Zim você pode rodar scripts customizados que interagem com as páginas do caderno de notas. Criei o Gene Fetcher para gerar a página a partir do identificador da sequência. Basta você colar o identificador numa nova página, selecioná-lo com o cursor e rodar; as informações serão adicionadas ao final da página.

Nada muito revolucionário, mas útil; pelo menos pra mim, por enquanto. Também pode ser usado fora do Zim, é só passar os argumentos certos.

Tartarugas, embriões e fósseis

Tartaruga
Foto por Algy3289

Nunca imaginei que colocaria um vertebrado neste site… mas o fato delas terem seus ombros dentro da caixa torácica me fez abrir uma exceção, coitadas. Escrevi um texto sobre o desenvolvimento e evolução do casco das tartarugas no The Node. Ele mostra como é o início da formação do casco nos embriões e como isso pode ajudar a entender a evolução desse padrão corpóreo tão diferente. Animações em 3D e fósseis estão inclusos no pacote:

Turtles in a nutshell