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  • nelas 10:00 on 2011/09/12 Permalink | Reply
    Tags: , , , , vertebrados   

    Tartarugas, embriões e fósseis 

    Tartaruga

    Nunca imaginei que colocaria um vertebrado neste site… mas o fato delas terem seus ombros dentro da caixa torácica me fez abrir uma exceção, coitadas. Escrevi um texto sobre o desenvolvimento e evolução do casco das tartarugas no The Node. Ele mostra como é o início da formação do casco nos embriões e como isso pode ajudar a entender a evolução desse padrão corpóreo tão diferente. Animações em 3D e fósseis estão inclusos no pacote:

    Turtles in a nutshell

    [foto por Algy3289]

     
  • nelas 16:46 on 2011/06/25 Permalink | Reply
    Tags: api, diversidade, django, mendeley, , referências bibliográficas, taxonomia   

    Bibliografia viva 

    Num sábado de manhã de algumas semanas atrás eu caí de paraquedas (online) no Hack4Knowledge, um encontro para criar aplicativos, ferramentas e remisturas que aproveitem os bancos de dados existentes para inovar e enriquecer a criação e disseminação do conhecimento.

    Eu já estava fazendo uns testes com o API do Mendeley e resolvi aproveitar a oportunidade para por em prática uma idéia: agregar referências bibliográficas relacionadas com um determinado táxon. Não é uma idéia particularmente inédita nem difere muito de você colocar o nome de um táxon no google ou scopus, mas o fato do banco de dados do Mendeley ser construído por coleções dos usuários permite extrair algumas informações interessantes. Por exemplo, descobrir quais são os artigos mais populares ou criar um trending topics com os grupos do momento baseado na quantidade de leitores e número de publicações.

    Living Bibliography Home Page

    Página inicial do Living Bibliography

    Possuir os dados de artigos (independente da fonte) também possibilita extrair informações interessantes como autores mais ativos em determinado táxon, rede de colaboradores, variação anual no número de artigos relacionados, tópicos mais estudados em cada grupo, etc. Integrando tudo isso e usando ferramentas para visualização de dados complexos seria possível, por exemplo, “ver” buracos no conhecimento ou acompanhar a história do estudo de um organismo.

    Imagine se todos os artigos estivessem acessíveis livremente e contivessem informações (metadados) sobre os organismos em questão como informações taxonômicas, ocorrência, coletas, sequências, citações com marcação semântica, tópicos abordados, hipóteses para testar, metodologias, dados brutos, etc. Em instantes qualquer pessoa poderia ter um resumo do conhecimento atual sobre um organismo. Especialmente interessante para definir diretrizes para a pesquisa e evitar gastos de recursos com os mesmos erros; uma otimização da ciência. Isso sem contar na possibilidade de anexar observações, anotações, discussões, questões não resolvidas e outras atividades colaborativas.

    Bom, depois de fazer um modelinho da idéia acabei de colocar as funções básicas do agregador para funcionar. Não tem nada do que escrevi acima, apenas uma interface de busca onde você pode usar o nome científico ou nome popular do organismo (em inglês) que você quer ver e uma página por táxon com a lista de referências relacionadas e alguns controles de ordenação. Se o táxon não estiver no banco ele vai buscar as referências na hora, portanto, é necessário esperar um pouco e recarregar a página (pelo menos até eu dar um jeitinho nisso).

    Living Bibliography Taxon Page

    Página de um táxon no Living Bibliography

    Quem se interessar pode testar o Living Bibliography no livingbib.organelas.com. Só lembrando que é totalmente experimental, nada garantido que seus artigos favoritos aparecerão ou que as informações estejam corretas (ainda tem muito artigo duplicado, nome de autor errado, títulos mal formatados, revistas trocadas, e afins no Mendeley). Não sei o quanto vou poder me dedicar, mas o código é aberto e adoraria ouvir idéias e sugestões :)

     
  • nelas 1:03 on 2011/06/01 Permalink | Reply
    Tags: , wiki   

    A galaxy for insight 

      By empowering readers and observers with transparent access to the means by which conclusions are reached, rather than assembling them in an audience to hear the Authorities deliver the catechism from on high, we are all of us becoming scientists in this way, entering into a democracy of the intellect that is already bearing spectacular fruit, not just at Wikipedia but through any number of collaborative projects, from the Gutenberg Project to Tor to Linux.

       
    • nelas 22:13 on 2011/04/22 Permalink | Reply
      Tags: confocal, , thenode   

      Embrião de lula 

        Media_httpthenodebiol_gqryb

        Imagem fabulosa de um embrião de lula! Os núcleos da células estão em azul, sistema nervoso em rosa e cílios de células epiteliais em verde. O globo do lado esquerdo é o saco de vitelo e o cifão já está formadinho.

        A imagem foi tirada durante o curso de embriologia de Woods Hole e é uma das candidatas para a capa da revista científica Development. A votação está aberta para quem quiser (clique no link acima).

         
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