 | Emilio on Gene Fetcher tool no Zim |
 | Paul on Mestre em LaTeX de roupa nova |
 | nelas on Gene Fetcher tool no Zim |
| Emilio on Gene Fetcher tool no Zim |
| nelas on Shell script para backup: nova… |
Exatos seis meses atrás saiu uma matéria na Ciência Hoje das Crianças online sobre as bolachas-do-mar que ainda não tinha colocado aqui. Clique na imagem ou aqui para ler.
Pouco menos de seis meses antes disso saiu um post no Scientist at Work Blog do Rich Mooi, especialista em ouriços irregulares. O post, “The Hidden World of Heart Urchins” tem uma foto de uma bolacha-do-mar “fofinha” que precisava compartilhar 
Clypeaster humilis by Rich Mooi
Aproveitando que algumas pessoas me mandaram suas modificações do Mestre em LaTeX nesta semana, resolvi tirar a poeira de lá. Migrei o desenvolvimento para o GitHub, onde mantenho meus programas: github.com/nelas/mestre-em-latex. Agora fica mais fácil pra outras pessoas contribuirem criando um clone ou editando o wiki. O screenshot abaixo é da nova página que fica mais elegante e convidativa: nelas.github.com/mestre-em-latex
Os arquivos foram baixados quase 4 mil vezes desde 2009; não é muito, mas imagine esse tanto em teses empilhadas… Agora vem o trabalho de verdade que é incorporar as contribuições e resolver pendências antigas.
Tenho usado o Zim Desktop Wiki como caderno de anotações faz algum tempo. Ele salva as notas como arquivo texto com marcação wiki permitindo que eu acesse o conteúdo diretamente com outros editores e facilitando o backup (eg, pasta de notas sincronizada no Dropbox).
Comecei a mexer com genes no doutorado e estava guardando as sequências em arquivos texto soltos por aí. Pra manter as coisas organizadas (já que a quantidade de genes começou a aumentar) resolvi tentar guardar cada sequência em uma nota separada no Zim. Assim posso organizar os genes de maneira mais intuitiva, fica mais fácil encontrar o que estou procurando e ainda posso acessar as sequências programaticamente com scripts.
Cada gene pode ter marcadores indicando que aquela página é uma sequência, o organismo, o tipo de gene (relacionado com que processos do desenvolvimento) e o nome mais comum para agrupar genes ortólogos. Com os marcadores fica fácil filtrar as notas. Na imagem abaixo eu cliquei no gene vasa e de cara dá pra ver que tenho as sequências do peixe paulistinha (D. rerio), humanos (H. sapiens) e drosófila (D. melanogaster).
Example of gene sequence in Zim
O link para a sequência no NCBI também é útil, caso precise voltar lá para checar alguma informação. Por fim tenho a sequência no formato FASTA, que é o que vou usar na maioria dos casos. Criar uma página assim consome alguns comandos, copy/paste e cliques, então fiz um script simples para automatizar isso.
No Zim você pode rodar scripts customizados que interagem com as páginas do caderno de notas. Criei o Gene Fetcher para gerar a página a partir do identificador da sequência. Basta você colar o identificador numa nova página, selecioná-lo com o cursor e rodar; as informações serão adicionadas ao final da página.
Nada muito revolucionário, mas útil; pelo menos pra mim, por enquanto. Também pode ser usado fora do Zim, é só passar os argumentos certos.
Não baixei e nem olhei o script que você fez, mas ainda assim te dou os parabéns.
Tenho acompanhado o seu blog faz algum tempo e fiquei feliz ao ver que você agora vai encarar os genes, ainda mais qdo vi que era “vasa”.
Você vai estudar a expressão deles nas bolachas que você estudou antes?
Como você vai fazer isso? Primers degenerados?
Se você precisar, podemos conversar sobre isso. Eu fiz um sanduíche tentando encontrar genes em esponjas. Dá um monte de trabalho, mas o resultdo é bacana!
Oi Emilio, prazer! É, agora estou encarando os genes e gostando bastante (bem mais do que imaginava), mas ainda falta dominar as in situs, hehe. A idéia é ver a expressão de genes da linhagem germinativa em alguns lophotrochozoa (bryozoa, brachiopoda, nemertea) e comparar com o que já é mais conhecido (mollusca, polychaeta) pra ter uma idéia da diversidade dos padrões de desenvolvimento.
Como temos (ou teremos, para algumas) o transcriptoma das espécies fica mais fácil clonar, no máximo precisa estender algum gene cuja sequência não estava completa.
Mas você também mexeu com vasa nas esponjas? Podemos trocar uma idéia por email se preferir!
abs! valeu pelo comentário!
Pois é cara!
Eu fiz insitus de vasa em esponjas sim e trabalhei um pouco com primers degenerados. Não sei se você tem acesso ao meu email, mas acho que fica mais fácil se comunicar por lá, pq ai eu posso ver a mensagem. Eu só passo aqui quando você publica uma coisa nova no site. hehehe… Me escreve lá pra gente trocar umas ideias.
Paul is discussing. 
Emilio and 
Vou dar uma olhada assim que possível! =D
ow, tem como escurecer um pouco a fonte no github? quase não dá para ler o texto com aquele tom de cinza.