Gene Fetcher tool no Zim

Tenho usado o Zim Desktop Wiki como caderno de anotações faz algum tempo. Ele salva as notas como arquivo texto com marcação wiki permitindo que eu acesse o conteúdo diretamente com outros editores e facilitando o backup (eg, pasta de notas sincronizada no Dropbox).

Comecei a mexer com genes no doutorado e estava guardando as sequências em arquivos texto soltos por aí. Pra manter as coisas organizadas (já que a quantidade de genes começou a aumentar) resolvi tentar guardar cada sequência em uma nota separada no Zim. Assim posso organizar os genes de maneira mais intuitiva, fica mais fácil encontrar o que estou procurando e ainda posso acessar as sequências programaticamente com scripts.

Cada gene pode ter marcadores indicando que aquela página é uma sequência, o organismo, o tipo de gene (relacionado com que processos do desenvolvimento) e o nome mais comum para agrupar genes ortólogos. Com os marcadores fica fácil filtrar as notas. Na imagem abaixo eu cliquei no gene vasa e de cara dá pra ver que tenho as sequências do peixe paulistinha (D. rerio), humanos (H. sapiens) e drosófila (D. melanogaster).

Example of gene sequence in Zim
Example of gene sequence in Zim

O link para a sequência no NCBI também é útil, caso precise voltar lá para checar alguma informação. Por fim tenho a sequência no formato FASTA, que é o que vou usar na maioria dos casos. Criar uma página assim consome alguns comandos, copy/paste e cliques, então fiz um script simples para automatizar isso.

No Zim você pode rodar scripts customizados que interagem com as páginas do caderno de notas. Criei o Gene Fetcher para gerar a página a partir do identificador da sequência. Basta você colar o identificador numa nova página, selecioná-lo com o cursor e rodar; as informações serão adicionadas ao final da página.

Nada muito revolucionário, mas útil; pelo menos pra mim, por enquanto. Também pode ser usado fora do Zim, é só passar os argumentos certos.

Publicado por

Bruno

Biólogo evolutivo interessado em embriões and larvas de invertebrados marinhos.

3 comentários sobre “Gene Fetcher tool no Zim”

  1. Não baixei e nem olhei o script que você fez, mas ainda assim te dou os parabéns.
    Tenho acompanhado o seu blog faz algum tempo e fiquei feliz ao ver que você agora vai encarar os genes, ainda mais qdo vi que era “vasa”.

    Você vai estudar a expressão deles nas bolachas que você estudou antes?
    Como você vai fazer isso? Primers degenerados?
    Se você precisar, podemos conversar sobre isso. Eu fiz um sanduíche tentando encontrar genes em esponjas. Dá um monte de trabalho, mas o resultdo é bacana!

  2. Oi Emilio, prazer! É, agora estou encarando os genes e gostando bastante (bem mais do que imaginava), mas ainda falta dominar as in situs, hehe. A idéia é ver a expressão de genes da linhagem germinativa em alguns lophotrochozoa (bryozoa, brachiopoda, nemertea) e comparar com o que já é mais conhecido (mollusca, polychaeta) pra ter uma idéia da diversidade dos padrões de desenvolvimento.

    Como temos (ou teremos, para algumas) o transcriptoma das espécies fica mais fácil clonar, no máximo precisa estender algum gene cuja sequência não estava completa.

    Mas você também mexeu com vasa nas esponjas? Podemos trocar uma idéia por email se preferir!

    abs! valeu pelo comentário!

    1. Pois é cara!
      Eu fiz insitus de vasa em esponjas sim e trabalhei um pouco com primers degenerados. Não sei se você tem acesso ao meu email, mas acho que fica mais fácil se comunicar por lá, pq ai eu posso ver a mensagem. Eu só passo aqui quando você publica uma coisa nova no site. hehehe… Me escreve lá pra gente trocar umas ideias.

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